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Contamination endémique des spécimens cliniques par Mycobacterium gordonae

La contamination de spécimens cliniques par Mycobacterium gordonae est un problème endémique important dans de nombreux laboratoires. Pour étudier ce problème, les cas hospitaliers ont été identifiés de manière rétroactive pendant des mois. Le taux global de contamination des échantillons était% et les échantillons contaminés étaient respiratoires. la comparaison a montré que le risque de contamination des échantillons respiratoires était significativement augmenté si le spécimen était un odds ratio expectoré [OR],; % intervalle de confiance [IC], – ou si le patient a consommé des liquides dans les jours qui ont précédé la collecte des échantillons OU; % CI, – Les cultures d’eau du robinet, de glace et d’eau potable glacée ont toutes donné M gordonae à – cfu / mL Un sondage de culture des patients consentants a montré la contamination du% des échantillons d’expectorations recueillies immédiatement après un rinçage buccal. la contamination des échantillons endémiques provient des mycobactéries dans l’eau du robinet de l’hôpital et fournit une base pour les efforts de contrôle

Mycobacterium gordonae, comme d’autres mycobactéries non tuberculeuses, se trouve principalement dans les eaux naturelles et les systèmes d’eau du robinet Il provoque rarement une infection ou une colonisation humaine et est généralement considéré comme un contaminant isolé des échantillons cliniques. M gordonae peut avoir des conséquences cliniques gênantes Parce que le pigment qui distingue les colonies de M gordonae de Mycobacterium tuberculosis n’est parfois pas évident initialement, un traitement présomptif de la tuberculose peut être initié en attendant l’identification des espèces La source de M gordonae dans les échantillons cliniques a été étudiée des cultures positives, ou des pseudo-épidémies, ont eu lieu Ces études ont impliqué des eaux contaminées du robinet ou de la glace , un anesthésique topique et une solution antibiotique commercialement préparée La contamination endémique des spécimens par M gordonae semble être un problème encore plus , sur la base des observations que M gordonae est l’un des mycobactéries les plus communes isolées dans les laboratoires hospitaliers et que ~% des échantillons cliniques sont positifs pour M gordonae En conséquence, nous avons initié une enquête pour connaître le taux et la source de contamination endémique des M gordonae dans notre hôpital. Hospital, Chicago et pour guider les efforts de contrôle ultérieurs

Matériaux et méthodes

Des spécimens irrationnels provenant de patients hospitalisés de l’Université de Chicago ont été désignés comme spécimens de cas, et des spécimens culture-négatifs ont été choisis comme témoins. Les témoins ont été choisis au hasard parmi tous les échantillons respiratoires de culture négative des patients hospitalisés dont les spécimens étaient tous négatifs. Les informations suivantes ont été collectées concernant des échantillons de cas et témoins: un technologiste de laboratoire qui a traité l’échantillon, les résultats d’autres échantillons traités le même jour, le jour de l’hospitalisation que l’échantillon a été traité. Les variables continues ont été comparées par l’utilisation du test t ou du test U de Mann-Whitney, l’âge et le sexe du patient, la présence d’une maladie pulmonaire chronique, l’accès à l’eau potable pendant les jours précédant la collecte des échantillons et un traitement antibiotique systémique pendant la semaine précédant le prélèvement. Évaluation de la collecte et du traitement des échantillons Les procédures de prélèvement des échantillons dans les zones de soins des patients et de traitement des échantillons au Laboratoire de microbiologie clinique ont permis de détecter des possibilités de contamination par M gordonae. En bref, des échantillons provenant de sites non stériles , comme les expectorations, ont été recueillies dans des vis stériles Les échantillons ont été transférés au laboratoire de microbiologie clinique, où ils ont été stockés à ° C jusqu’à leur traitement au début de la semaine suivante. Jusqu’à ml d’expectoration a été transféré à l’intérieur d’une hotte de sécurité biologique dans un tube de centrifugation stérile. On a ajouté un volume d’hydroxyde de sodium fraîchement mélangé, de citrate de sodium stérile et de poudre de N-acétyl-l-cystéine pour la digestion et la décontamination. Les échantillons ont été agités sur un mélangeur à vortex, puis laissés au repos avant l’ajout de mL de tampon phosphate stérile L’échantillon liquéfié a été centrifugé, la plus grande partie du surnageant a été décantée et le sédiment a été inoculé sur des pentes distinctes de gélose Middlebrook H et Lowenstein-Jensen et dans un bouillon enrichi avec substrat marqué C pour la détection radiométrique du milieu BACTEC B de croissance; Becton Dickinson Microbiology Systems, Baltimore supplémenté de polyoxylène stéarate, polymyxine B, amphotéricine B, acide nalidixique, triméthoprime et azlocilline Une partie du sédiment expectoré décontaminé a également été inoculé sur des lames pour coloration à l’auramine O et Kinyoun, suivi d’un examen microscopique. Mycobactéries probables cultivé pendant l’incubation de milieux inoculés à ° C pendant des semaines ont été identifiés par coloration à l’auramine O ou Kinyoun, production de pigments et sondes ADN pour M tuberculosis et autres mycobactéries Pour évaluer le traitement des expectorations au laboratoire de microbiologie clinique, les échantillons d’expectoration ont été stérilisés dans un autoclave à ° C pour min ont été soumis chaque jour de la semaine pour la culture mycobactérienne de routine jusqu’à ce que les spécimens stérilisés aient été traités. Les technologistes de laboratoire n’ont pas été informés que les spécimens d’essai étaient soumis, et l’apparence laiteuse inhabituelle de ces spécimens méthode d’induction des expectorationsEnvironmenta Pour déterminer si M gordonae était présent en milieu hospitalier, on a prélevé des échantillons d’eau chaude et froide dans une chambre de patient dans chacune des unités de soins et dans les salles de mycobactériologie et de préparation des milieux du laboratoire de microbiologie clinique. Des échantillons d’eau potable ou de glace fondue ont été prélevés des machines à glace des unités de soins et des pichets de l’eau potable glacée au chevet des patients. Chaque échantillon a été passé à travers un filtre de -μm qui a ensuite été placé dans des mL d’eau stérile. Le filtre a été mis au rebut, et le concentré a été digéré et décontaminé de la même manière que les expectorations, sauf qu’une pipette a été utilisée pour éliminer le surnageant après centrifugation, laissant un volume de sédiment final de mL parties Next, – et -mL du sédiment ont été inoculés sur des plaques séparées de gélose Middlebrook H, et ml a été inoculé dans du milieu BACTEC B, comme décrit ci-dessus. Les plaques ont été incubées on a observé jusqu’à ° C pendant des semaines, et on a identifié des colonies ressemblant à M gordonae par production de pigment et par hybridation avec une sonde d’ADN Accuprobe; Gen-Probe, San Diego Enquête auprès des patients Pour déterminer si M gordonae était présent dans l’oropharynx ou les voies respiratoires des patients hospitalisés, un échantillon de rinçage buccal et un échantillon d’expectoration ont été demandés à des patients chez qui un spécimen d’expectoration pour culture mycobactérienne avait été commandé. On a d’abord demandé aux patients de se rincer la bouche et de se gargariser avec ~ mL d’eau de leur réservoir d’eau glacée. Ce spécimen de rinçage buccal a été recueilli dans un contenant stérile, puis un échantillon d’expectoration a été expectoré dans un autre contenant stérile. le laboratoire du programme de contrôle des infections utilisant les procédures d’expectoration suivies au laboratoire de microbiologie clinique

Résultats

Description des cas Pendant des mois, des échantillons de patients ont donné M gordonae en culture Quatre-vingt-quatre patients avec un seul échantillon positif ont été classés comme ayant un cas de contamination par M gordonae pathogène. Les autres patients avec plusieurs échantillons positifs étaient considérés comme probablement colonisés par M gordonae. Chez les patients, les spécimens qui donnaient à plusieurs reprises M gordonae étaient des crachats. Au moindre cas chaque mois, et aucune variation saisonnière n’était évidente Figure Soixante-dix-huit des cas survenaient un jour où il n’y avait pas d’autres cas, et les cas restants jour et jours Cinquante-trois patients hospitalisés, ambulatoires et patients des institutions affiliées qui ont soumis des échantillons au Laboratoire de microbiologie clinique Dans notre hôpital, des échantillons contaminés ont été soumis par des unités d’hospitalisation et des cliniques externes. des échantillons contaminés soumis à partir de n’importe quelle unité était Contami spécimens nated étaient des expectorations dans les cas, le liquide de lavage bronchoalvéolaire dans, l’urine dans et les fèces, l’aspiration gastrique, la biopsie de la peau, ou le liquide de drainage dans les cas chacun

Figure View largeTélécharger slideCases de Mycobacterium gordonae contamination de spécimens cliniques, par mois pendant Janvier – Août Figure Vue largeTélécharger slideCases de Mycobacterium gordonae contamination des échantillons cliniques, par mois pendant Janvier – Août Le taux global de contamination des échantillons au cours de la période d’étude était% de spécimens. comparaison, le taux de cultures positives pour M tuberculosis au cours de la même période était de%. Comme le montre le tableau, le taux de contamination variait selon le type d’échantillon, et seuls les spécimens provenant de sites non stériles donnaient M gordonae

Table View largeTar exemple de la contamination par Mycobacterium gordonae de divers types de spécimens en janvier – août Tableau View largeTarif de la contamination par Mycobacterium gordonae de divers types de spécimens entre janvier et août Le milieu où M gordonae a été isolé n’était que du bouillon, Middlebrook H agar seulement dans les cas, agar de Lowenstein-Jensen seulement dans les cas, et ≥ milieu dans les cas Dans aucun cas les mycobactéries n’ont été détectées par examen microscopique de l’échantillon coloré avec les réactifs auramine O ou Kinyoun Quatre pour les patients avec contamination M gordonae d’un échantillon d’expectoration traitement antituberculeux présomptif sur la base de la culture mycobactérienne positive La durée du traitement était – jours moyen, jours, et le patient a été réadmis à l’hôpital pour les jours étude de cas-témoin Quarante-quatre patients hospitalisés avaient un échantillon respiratoire contaminé, et ceux-ci les spécimens ont été classés comme spécimens Étude cas-témoin Comparativement à des échantillons respiratoires non contaminés choisis au hasard, les spécimens de cas étaient significativement plus susceptibles d’avoir été produits par table d’expectoration. Les patients chez qui des échantillons contaminés avaient été obtenus étaient significativement plus susceptibles de prendre des liquides oraux pendant les jours précédant le prélèvement. Aucune des autres caractéristiques du patient ou de l’échantillon examinées n’était significativement associée à la contamination. La proportion de spécimens et d’échantillons témoins traités par chacun des technologistes de laboratoire a également été calculée. Aucun des technologues n’était significativement associé aux spécimens contaminés P & gt; pour chaque, et aucun technologue traité & gt; cas-spécimens

Tableau View largeTélécharger slideCaractéristiques des échantillons respiratoires contaminés par Mycobacterium gordonae comparés aux échantillons témoins non contaminésTable View largeTélécharger slideCaractéristiques des échantillons respiratoires contaminés par Mycobacterium gordonae, comparés à des spécimens témoins non contaminésCultures environnementales Dans les zones de soins, M gordonae a été récupéré dans l’eau chaude et froide du robinet. La concentration de M gordonae dans ces spécimens était généralement de – cfu / ml M gordonae a également été récupéré de l’eau du robinet dans les puits de la zone de travail dans la mycobactériologie et les médias salles de préparation du laboratoire de microbiologie clinique et d’un comptoir dans la salle de préparation des médias

Tableau View largeTélécharger la diapositiveDétection de Mycobacterium gordonae en milieu hospitalierTable AgrandirDétection de Mycobacterium gordonae en milieu hospitalierÉvaluation du traitement des échantillons Aucune erreur dans les pratiques aseptiques ou les écarts par rapport aux procédures écrites n’a été détectée lors de l’observation fréquente du laboratoire de microbiologie clinique. Les échantillons soumis au traitement des spécimens ont été prélevés chez des patients hospitalisés. M gordonae a été isolé à partir de% des spécimens de rinçage buccal de l’eau du robinet et de% des échantillons d’expectoration. les échantillons d’expectoration provenaient de patients dont le spécimen de rinçage de la bouche était également positif pour la culture. Les patients dont l’échantillon d’expectoration était positif avaient d’autres échantillons d’expectorations soumis à une culture mycobactérienne de routine au cours de la semaine. aucun des spécimens récoltés le même jour que le spécimen de l’étude de culture n’a été positif. M La tuberculose a été récupérée à partir d’échantillons de cultures, et tous les patients avaient également M tuberculosis dans des échantillons respiratoires soumis à une culture mycobactérienne de routine.

Discussion

Notre étude démontre que la contamination endémique de M gordonae des échantillons respiratoires est causée par M gordonae dans l’eau du robinet hospitalier. Nous supposons que, comme étape initiale, M gordonae dans l’eau du robinet glacé est déposé dans la bouche ou oropharynx lorsque l’eau glacée est ingérée. gordonae présente dans la bouche ou l’oropharynx contamine les échantillons respiratoires pendant l’expectoration, l’aspiration trachéale ou la bronchoscopie Cette formulation est appuyée par nos études de culture montrant M gordonae dans la plupart des spécimens d’eau potable et de rinçage buccal et la contamination des expectorations seulement lorsque le patient se rince la bouche. En outre, nos études épidémiologiques ont montré une association entre la contamination des expectorations et l’accès à l’eau potable et un taux accru de contamination des échantillons respiratoires ayant un contact direct avec la bouche et l’oropharynx, c’est-à-dire expectoration. des résultats négatifs pour les cultures de spéci L’introduction de petites quantités de mycobactéries non tuberculeuses dans la bouche semble être un moyen efficace de contamination des échantillons respiratoires. Nous avons détecté seulement – cfu de M gordonae / ml d’eau potable, mais le volume résiduel dans la bouche immédiatement après le gargarisme était suffisant pour contaminer% des échantillons d’expectoration. Un taux de contamination des expectorations encore plus élevé a été rapporté par Murphey et al., qui avaient des volontaires pour se gargariser avec Mycobacterium avium- Complexe intracellulaire Contrairement à ces résultats expérimentaux, les taux de contamination mycobactérienne des échantillons d’expectorations <% et tous les échantillons <% étaient relativement faibles chez les patients de notre hôpital et parmi ceux étudiés par Murphey et al Contamination sporadique des expectorations en milieu clinique et la faible incidence de plusieurs échantillons positifs de nos patients suggèrent que l'eau du robinet mycoba Les investigations sur les pseudo-épidémies ont également impliqué l'eau du robinet de l'hôpital comme principale source de mycobactéries contaminantes. Des espèces telles que M gordonae, le complexe Mvium-intracellulare, Mycobacterium fortuitum et Mycobacterium xenopi ont contaminé les échantillons d'expectorations, apparemment après la cécité. être introduit dans la bouche des patients à partir de l'eau potable [,,], de la glace ou éventuellement de l'eau de douche L'eau du robinet utilisée pour rincer les bronchoscopes a également été la source de contamination respiratoire par M gordonae , M xenopi , Mycobacterium abcessus , et Mycobacterium chelonae La contamination d'échantillons non respiratoires, comme l'urine et les selles, a été attribuée à l'eau du robinet pour rincer les bassins ou irriguer la lumière intestinale pendant la coloscopie . mycobactérie contaminante a été déionisée eau du robinet utilisée pour préparer des antibiotiques ou des réactifs pour la détection en laboratoire de mycobacte Les cas illustrés par cette étude, les problèmes de contamination endémique sont souvent difficiles à résoudre. Les cas n'étaient pas groupés géographiquement ou temporellement et plusieurs types de spécimens et de milieux de culture étaient impliqués. L'observation la plus forte était que M gordonae n'était récupéré qu'à partir de spécimens digérés et décontaminés. aurait pu être compatible avec une source d'eau du robinet , des fluides de laboratoire contaminés, ou une erreur de technicien de laboratoire Par conséquent, nous avons examiné chacun des modes potentiels de contamination au moyen d'une étude cas-témoins, de cultures environnementales et La contamination endémique des échantillons respiratoires par M gordonae semble être un problème important, avec une incidence aussi élevée que% pour les expectorations induites . Même si les sondes d'ADN pour l'identification rapide des espèces peuvent minimiser les conséquences cliniques, préventives. mesures sont justifiées Conformément à la recommandation de Metchock e Nous conseillons aux patients de ne pas se rincer la bouche ou de se gargariser avec de l'eau du robinet avant la collecte des expectorations. Il peut également être utile d'évaluer d'autres mesures, comme un rinçage buccal avec de l'eau stérile immédiatement avant l'expectoration ou la rétention d'eau du robinet. boissons glacées pendant plusieurs heures avant l'expectoration