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Dans la littérature

Wednesday, April 4th, 2018 | Alain | Soin

Mec manquant

Séquence ISS du site ISS ISS est présent dans un cadre de lecture ouvert ORF qui, dans le chromosome S aureus, est appelé orfX, qui code un ARNm S méthyltransférase SCCmec, en plus de contenir le complexe du gène mec, contient une séquence de site d’insertion ISS et réglementaire gènes, ainsi que les gènes ccr de la chromosome recombinase cassette nécessaires pour l’intégration spécifique au site et l’excision de SCCmec Différentes combinaisons d’allotype de gène ccr et de types SCCmec sont utilisés pour classer les souches de SARM Les éléments liés à SCCmec servent de cibles pour les amorces de PCR pour la détection Certains staphylocoques à coagulase négative contiennent également des éléments SCCmec et il a été suggéré que ceux-ci étaient à la fois la source originale de cet élément génétique dans S aureus et un réservoir continu de cet élément transférable. En conséquence, des tests génétiques conçus pour détecter la résistance à l’oxacilline dans S aureus ne peut pas limiter leur cible à cet élément Ainsi, par exemple, le temps réel Xpert Le système de PCR qui a été utilisé pour l’évaluation des isolats sanguins cible également ISS et S aureus protéine A spa, qui est, à toutes fins pratiques, unique à S aureus Au lieu de la détection de spa, le test GeneOhm cible un autre gène spécifique de S aureus, nuc, mais cela peut être absent dans certaines souches Selon le test, les raisons de résultats de PCR faussement négatifs peuvent inclure un spa manquant ou altéré, nuc modifié, altéré orfX, ainsi que des «pattes» mecA ou des variantes de «cassette vide». Il existe également une hyperproduction de β-lactamase avec une activité de méthicillinase significative, qui a été associée à une susceptibilité / résistance borderline. Une souche de SARM résistante au ceftobiprole a été créée chez des patients atteints de staphylocoques non liés au mecA et aux PBPa. le laboratoire par le passage en série d’un inoculum élevé de MSSA négatif MSSA en présence de la drogue a été trouvé pour avoir des altérations dans les gènes, ceux en codant PBP, Gdp une protéine de signalisation prédite, et AcrB un transporteur d’efflux multidrogue cation En outre, un isolat clinique résistant à l’oxacilline de Staphylococcus lugdunensis ne portant pas mecA a été trouvé PBPA / B mutée Des tests de PCR faussement positifs peuvent également se produire. sont généralement le résultat de tests ciblant le fragment de jonction orfX / SCCmec en présence de “cassettes vides” résultant de la perte spécifique de mecA Ainsi, les sites cibles du test sont présents, mais le gène codant la résistance n’est pas Les faux positifs peuvent aussi être rencontré si l’échantillon clinique contient un mélange à la fois avec un staphylocoque à coagulase négative qui porte mecA et MSSA. Ce type de test faussement positif peut être évité en incluant, par exemple, la cible de la région de jonction orfX / SCCmec. diagnostics disponibles, bien que leur impact clinique dépende de la prévalence locale et si le test a été utilisé à des fins épidémiologiques ou de sélection n de l’antibiothérapie Par conséquent, l’absence d’un petit nombre d’épisodes de colonisation est nettement moins importante que l’absence de résistance dans un isolat sanguin. Le test de résistance phénotypique corrigera éventuellement le résultat avec un délai de – heures si un traitement antibiotique inapproprié est administré dans l’intervalle, le résultat clinique peut être inférieur à celui souhaité Un test phénotypique utilisant un système de détection de bactériophage est capable de détecter la résistance à l’oxacilline en heures, approximativement le même que le test GeneOhm, mais ces deux tests prennent significativement plus de temps que la PCR Xpert. un délai d’exécution réduit Pour l’instant, il est important que les laboratoires cliniques soient attentifs à ces possibilités et surveillent l’émergence de souches présentant des variations génétiques qui pourraient rendre leurs méthodes d’essai inefficaces. Il est également important que les organismes de réglementation trouvent un moyen d’approbation rapide des altérations dans les systèmes de test disponibles dans le commerce afin de tenter de maintenir w La souche bactérienne de l’évolution Leeuwen W, Roorda L, Hendriks W, François P, Schrenzel J Une souche de Staphylococcus aureus résistante à la méthicilline déficitaire en NUC, FEMS Immunol Med Microbiol,, vol pg Google ScholarCrossRefSearch ADS PubMed Banerjee R, Gretes M, Harlem C, et al Une souche mecA-négative de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline avec une résistance élevée aux β-lactamines contient des mutations dans trois gènes, des agents antimicrobiens, des anticorps anti-microbiens et des staphylocoques. lugdunensis avec une PBPA / B modifiée exprimant la résistance aux β-lactamines, Eur J Clin Microbiol Infect Dis, [Epub avant impression] Chlebowicz MA, Nganou K, Kozytska S, et al Recombinaison entre les gènes ccrC dans un type V C & amp; staphylococcique cassette chromosome mec SCCmec de Staphylococcus aureus ST conduit à la conversion de la résistance à la méthicilline à la susceptibilité à la méthicilline in vivo, Agents antimicrobiens Chemother, vol pg -CrossRefSearch ADS PubMed

Diagnostic rapide de la tuberculose extrapulmonaire

Vadwai V, Boehme C, P Nabeta, et al Xpert MTB / RIF: un nouveau pilier dans le diagnostic de la tuberculose extrapulmonaire J Clin Microbiol; : -Vadwai et ses collègues à Mumbai ont examiné la précision du test Xpert MTB / RIF, basé sur la PCR en temps réel et la technologie des balises moléculaires, chez des patients suspects de tuberculose extrapulmonaire. En plus de détecter la présence de l’acide nucléique de Mycobacterium tuberculosis, détecte des mutations au sein du gène rpoB associé à la résistance à la rifampicine, une observation présente dans la tuberculose multirésistante aux médicaments. Le diagnostic de tuberculose était confirmé par culture en%, tandis que% était désigné tuberculose probable,% tuberculose possible et% aucun signe de tuberculose Seul le% était infecté par le VIH La sensibilité du test Xpert était de% dans les frottis positifs et de% dans les cas à frottis négatif, alors que sa spécificité était de% par rapport à un étalon composite. aspirats, liquide synovial, liquide péricardique et liquide péritonéal était% -% alors qu’il était% -% pour les tissus, les ganglions lymphatiques, Le système Xpert était positif sur le liquide céphalo-rachidien seulement dans% des cas jugés atteints de méningite tuberculeuse. Ce test ne nécessite pratiquement aucune capacité technologique, puisqu’il représente essentiellement le «diagnostic moléculaire dans une boîte». Le développement d’un tel système a conduit le Organisation mondiale de la santé pour mettre en œuvre le Xpert MTB / RIF dans des contextes où la PCR standard serait difficile, voire impossible à utiliser