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Forces et faiblesses des dispositifs diagnostiques approuvés / approuvés par la FDA pour la détection moléculaire des pathogènes respiratoires

L’identification rapide, sensible et spécifique des caractéristiques étiologiques microbiennes des infections des voies respiratoires améliore l’utilisation appropriée des antibiotiques et des agents antiviraux et réduit le risque de transmission nosocomiale. Cet article passe en revue les tests actuels d’amplification des acides nucléiques approuvés par l’US Food and Drug http://sildenafilnorge.com. Administration FDA pour la détection des agents pathogènes respiratoires En outre, les tests d’autorisation d’utilisation d’urgence pour la détection de la grippe A HN sont discutés Les avantages et les limites des tests approuvés / approuvés par la FDA sont passés en revue

L’identification des agents responsables des infections des voies respiratoires est essentielle pour fournir un diagnostic précis, gérer adéquatement les soins aux patients et réduire le risque de transmission nosocomiale dans les établissements de santé Avec l’augmentation constante de la résistance aux antibiotiques et les options limitées ou inexistantes des infections bactériennes multirésistantes ou pan-résistantes, l’identification des pathogènes est un élément clé pour restreindre l’utilisation des antibiotiques aux cas où l’antibiothérapie est clairement indiquée Les choix thérapeutiques empiriques initiaux peuvent être standardisés et initiés en fonction de l’état clinique du patient, de la maladie sous-jacente Cependant, l’identification subséquente des agents pathogènes bactériens et des données précises sur la sensibilité devraient aider à promouvoir des traitements spécifiques ciblés et réduire l’utilisation d’antibiotiques à large spectre lorsque cela n’est pas indiqué, favorisant ainsi une bonne gestion des antibiotiques

Test de diagnostic non-moléculaire pour les infections respiratoires virales

Les infections virales causent probablement entre% et% des maladies des voies respiratoires Néanmoins, on estime que des millions d’antibiotiques pour les infections des voies respiratoires, y compris les infections des voies respiratoires inférieures et supérieures, étaient pour des causes peu susceptibles d’avoir une étiologie bactérienne. De nombreux cas d’otites et de sinusites et probablement de% -% des cas de pneumonie communautaire peuvent survenir, une surinfection bactérienne peut survenir, les infections respiratoires dues à un seul virus sont fréquentes chez les adultes et les patients pédiatriques ambulatoires En outre, la grande majorité des infections respiratoires chez les enfants hospitalisés non immunodéprimés, en particulier ceux <&; L'utilisation excessive d'antibiotiques pour le traitement des patients ambulatoires est principalement due au fait que chez les adultes, les tests de détection des virus respiratoires ne sont pas réalisés ou se limitent généralement à des tests directs d'antigènes rapides. Les tests pour les personnes âgées, les personnes atteintes de bronchopneumopathie chronique obstructive et les patients pédiatriques sont limités aux RADT pour la grippe et le virus respiratoire syncytial. Les RADT RSV ont des sensibilités très variables% -% et spécificités% -% en fonction de la cible virale, âge du patient, collecte des échantillons et durée des symptômes avant les tests En général, les RADT sont plus performants lors des tests pédiatriques, car les enfants perdent des titres de virus plus élevés et plus longtemps que les adultes [, -] En plus des RADT, sont des méthodes de diagnostic virales non moléculaires approuvées / approuvées par la FDA (Food and Drug Administration) des États-Unis, avec un délai de Les deux méthodes permettent de détecter facilement les virus respiratoires courants: adénovirus, influenza A, influenza B, parainfluenza, et [PIV-, PIV-, PIV-] En outre, les tests DFA peuvent détecter le métapneumovirus humain hMPV La spécificité du test DFA et de la culture cellulaire rapide est élevée, mais les sensibilités des tests peuvent varier d'un faible% de culture RSV à un taux élevé de% de grippe. A, comparé aux tests d'amplification des acides nucléiques Les TAAN [,,] Les tests DFA peuvent être réalisés en aussi peu que min, et les fioles coques et les cultures cellulaires rapides R-Mix Quidel / Diagnostic Hybrids identifient généralement les virus respiratoires en - h Ces tests sont effectués sur site, le temps de détection des virus peut être dans un délai qui pourrait affecter la gestion des patients. Toutefois, ces tests ne sont pas largement disponibles en dehors des grands hôpitaux et des laboratoires de référence. De nombreuses infections respiratoires, bocavirus, coronavirus sélectionnés E, OC, NL et HKU-, parainfluenza et rhinovirus sont également des causes importantes de maladies respiratoires et ne sont généralement détectées qu'à l'aide de TAAN.

Avantages cliniques et financiers du diagnostic des virus respiratoires

Par exemple, une étude de Poehling et al a révélé que les médecins qui utilisaient seulement des symptômes cliniques reconnaissent la grippe chez seulement% des enfants hospitalisés et% des enfants non hospitalisés avec une grippe confirmée en laboratoire. Par conséquent, l’établissement des caractéristiques étiologiques virales de la maladie est souvent hautement dépendante de tests diagnostiques précis. En outre, de nouveaux agents thérapeutiques pour les virus respiratoires sont en cours de développement et les essais cliniques de ces agents nécessiteront des diagnostics rapides. pathogènes Une fois ces nouveaux médicaments approuvés, les laboratoires cliniques auront besoin d’outils pour identifier chaque virus afin de pouvoir amorcer rapidement une thérapie antivirale appropriée. De plus, au cours des premières semaines de l’épidémie de grippe A HN, de multiples virus grippaux Il était nécessaire de sous-typer les souches de grippe A pour différencier Influenza A / H, grippe saisonnière A et H et influenza A HN Le sous-typage est nécessaire pour fournir les informations nécessaires au choix du traitement antiviral, en particulier pour les patients gravement malades. Les tests de résistance aux antiviraux des isolats de grippe de wwwcdcgov / influenza ont révélé que Les souches saisonnières de grippe A / H circulantes étaient résistantes à l’oseltamivir% et les formes saisonnières de grippe A / H et A HN étaient résistantes aux adamantanes. En outre, plusieurs patients atteints d’influenza A HN ont développé une résistance à l’oseltamivir D’autres facteurs cliniques tels comme le potentiel de développement d’une maladie plus grave sur la base de l’étiologie virale, peut être pris en compte dans la prise en charge de certains patients. Par exemple, des études de notre laboratoire ont révélé que les enfants atteints d’infections à hMPV une unité de soins intensifs et nécessite plus souvent une ventilation mécanique que les enfants atteints d’infections à VRS Surtout dans le traitement des patients hospitalisés, les coûts des diagnostics viraux rapides peuvent être compensés par l’amélioration des soins aux patients et des résultats financiers Hendrickson et al ont montré que le diagnostic rapide des virus respiratoires peut entraîner des avantages dans plusieurs domaines, y compris Le fardeau de la grippe nosocomiale peut être élevé, entraînant des coûts supplémentaires pour les tests de diagnostic, une augmentation de la morbidité et une hospitalisation prolongée Par conséquent, des tests de diagnostic rapides sont nécessaires. Pour prévenir la transmission nosocomiale en facilitant les décisions d’isolement et de cohorte Des études ont documenté une transmission nosocomiale substantielle du VPH dans les unités pédiatriques , ainsi que dans les établissements de soins aux malades chroniques , semblable à est observé avec RSV Au plus fort de la saison RSV, de nombreux établissements doivent cohorter des enfants RSV-positifs à cause d’un lac Cependant, une double infection par le RSV et le hMPV est possible. Limiter le diagnostic au RSV seul dans un scénario de cohorte pourrait mettre en danger d’autres enfants gravement malades pour l’acquisition d’une seconde infection virale avec hMPV. si les tests sont complets Les panels de tests permettent également de suivre les profils épidémiologiques des maladies respiratoires et d’identifier les agents pathogènes nouveaux ou réémergents Enfin, l’identification du virus respiratoire exact est essentielle pour l’évaluation précise de l’efficacité des vaccins. Les TAAN approuvés / approuvés sont très variables et peuvent varier d’environ $ à $ par test. Les facteurs qui déterminent le coût du test comprennent le volume de test, le prix des kits de test, le nombre de tests par kit, la taille du test, le nombre des contrôles requis par essai, et le type et la quantité de fournitures auxiliaires Souvent, les kits approuvés par la FDA ne contiennent pas de réactifs d’extraction de cid, de sorte que l’équipement et les réactifs supplémentaires sont nécessaires et peuvent ajouter $ – $ par test Les tests de lots d’échantillons peuvent réduire le coût par test; cependant, la mise en lots n’est souvent pas pratique si le délai de résultat est retardé au-delà d’une période affectant la gestion clinique ou les pratiques de contrôle des infections. Les coûts d’instrumentation pour les tests moléculaires peuvent être substantiels. Les laboratoires doivent également calculer le coût du temps technique, qui est encore très variable en fonction de la complexité et de la taille du test. Enfin, les coûts du contrôle qualité, des tests d’aptitude et de l’évaluation des compétences affectent tous Coût global par test Pour décider quels tests sont appropriés et à quel coût pour la population de patients dans un établissement de santé particulier, tous les facteurs ci-dessus doivent être pris en compte à la lumière de l’impact clinique du résultat du test.

UTILISATION D’ESSAIS D’AMPLIFICATION D’ACIDE NUCLÉIQUE

L’utilisation des TAAN est une partie intrinsèque du diagnostic des maladies infectieuses La capacité des TAAN à détecter rapidement et avec précision un nouvel agent pathogène a été mieux illustrée pendant la pandémie de grippe A HN [, -] Les TAAN sont particulièrement adaptés à l’identification des agents pathogènes respiratoires. par exemple, hMPV, bocavirus, parainfluenza et Chlamydophila pneumoniae, agents pathogènes dangereux pour la culture, par exemple, coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère, agents pathogènes pour lesquels le délai de détection par des moyens traditionnels est souvent trop retardé pour affecter les soins aux patients, p. Dans la plupart des cas, les TAAN offrent une sensibilité accrue par rapport aux méthodes de culture, au RADTS et au test DFA [,,] La spécificité des TAAN varie en fonction de la cible et du test. conception, mais est généralement très élevé. En outre, les TAAN mis au point en laboratoire ont été validés conformément à la Les exigences de la CLIA peuvent être utilisées pour identifier de nouveaux agents pathogènes jusqu’à ce que les dispositifs IVD diagnostiques in vitro approuvés / approuvés par la FDA soient disponibles. Avec l’intégration clinique de la réaction en chaîne de la polymérase en temps réel PCR et approuvés par la FDA. les tailles sont maintenant capables d’effectuer des tests de diagnostic moléculaire

TESTS APPROUVÉS / AUTORISÉS PAR LA FDA POUR LA DÉTECTION MOLÉCULAIRE DE PATHOGÈNES RESPIRATOIRES NON VIRAUX

La détection de Mycobacterium tuberculosis directement dans un échantillon clinique d’un patient non encore identifié comme M tuberculosis positif est toujours cliniquement pertinente. La détection de pathogènes bactériens tels que Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae ou C pneumoniae indique généralement une infection active. Par contraste, la détection d’autres bactéries, telles que Streptococcus pneumoniae, peut indiquer une infection ou simplement une colonisation. Par conséquent, l’interprétation de la détection moléculaire de nombreux pathogènes bactériens doit être considérée à la lumière du spécimen clinique stérile vs non stérile. En outre, les méthodes moléculaires doivent inclure tous les agents pathogènes potentiels, même si la culture est toujours requise pour les tests de sensibilité aux antimicrobiens. Pour ces raisons, il existe actuellement une pénurie d’essais approuvés par la FDA pour les agents pathogènes respiratoires non viraux. pn Les tests quantitatifs ne sont pas nécessairement indiqués, et les NAATS pourraient remplacer les méthodes d’essai traditionnelles. Cependant, l’absence de TAAN approuvés / approuvés par la FDA pour ces agents pathogènes concerne très probablement les fabricants d’instruments de diagnostic in vitro. réticence à réaliser des essais cliniques coûteux pour des cibles ayant un taux de prévalence relativement faible et pour lesquelles le volume potentiel de tests pourrait être minime

Tests approuvés par la FDA pour la détection du complexe M tuberculosis

Compte tenu de l’augmentation de la résistance aux antimicrobiens dans le monde, l’identification rapide des patients atteints de tuberculose pulmonaire est essentielle et permet d’améliorer les résultats pour les patients, l’utilisation appropriée des installations d’isolement, l’instauration de traitements appropriés et l’identification de contacts infectés. En outre, des études ont montré que les coûts estimés associés à un diagnostic inexact de l’infection à M tuberculosis sont substantiels par patient en raison des procédures d’isolement institutionnelles. Les tests d’échantillons directs permettent de détecter la tuberculose à l’intérieur de la – semaines pour les méthodes liquides et traditionnelles de culture de milieux solides Bien que la microscopie des frottis de bacilles acido-alcoolo-résistants soit peu coûteuse et rapide à réaliser, la sensibilité du test peut être médiocre% -% avec colonisation ou infection par tuberculose pulmonaire confirmée par culture et ne peut différencier M tuberculose à partir de mycobactéries autres que M tuberculosis The Cent Les recommandations du CDC recommandent que les TAAN soient effectués sur au moins des échantillons respiratoires provenant de patients présentant des signes et des symptômes de colonisation ou d’infection tuberculeuse pulmonaire à M pour lesquels un diagnostic de colonisation ou d’infection par M. tuberculosis n’a pas été établi ou lorsque les résultats La culture mycobactérienne est toujours requise, car l’isolat M tuberculosis est nécessaire pour les tests de sensibilité aux médicaments Actuellement, il existe des TAAN approuvés par la FDA pour la détection du complexe M tuberculosis à partir d’échantillons respiratoires, la mycobactérie amplifiée. test direct de tuberculose AMTD, Gen-Probe [, -] et l’Amplicor Amplicor Mycobacterium tuberculosis, Roche Diagnostics Récemment, un nouveau test appelé Xpert MTB / RIF Cepheid a été développé pour détecter la présence de M tuberculosis et la résistance à la rifampicine directement à partir d’échantillons cliniques traités [revu dans] Le test utilise un ourlet PCR en temps réel avec détection de balises moléculaires et est réalisée sur l’instrument GeneXpert Cepheid Les avantages de ce test comprennent une faible complexité technique, permettant des tests potentiels sur le lieu de soins; temps de manipulation minimal – min; temps d’exécution du test de & lt; h; et confinement de l’échantillon, des acides nucléiques extraits et des amplicons dans la cartouche de test Par rapport à la culture, la sensibilité du test pour la détection de M tuberculosis variait de% échantillon testé par patient à% échantillon testé par patient pour AFB frottis positif des échantillons et% d’échantillons testés par patient à% d’échantillons testés par patient pour les échantillons AFB à frottis négatif La spécificité du test variait de% à% Le test est actuellement disponible pour les tests de diagnostic uniquement en Europe

Essai direct amplifié de Mycobacterium tuberculosis AMTD, Gen-Probe

L’AMTD est un test de sonde d’acide nucléique amplifié par cible pour la détection directe du complexe M tuberculosis Mycobacterium bovis, M bovis BCG, Mycobacterium africanum, Mycobacterium microti, et ARN ribosomique de l’ARNm M tuberculosis [, -] AMTD est approuvé pour tester les deux frottis AFB Le test AMTD est basé sur l’amplification médiée par la transcription isothermique oC utilisant des enzymes, la transcriptase inverse RT et la T-ARN polymérase, et des amorces spécifiques à la cible. test de détection de protection qui utilise une sonde ADN monocaténaire chimiluminescente complémentaire aux séquences spécifiques du complexe M tuberculosis détecte l’ARNr amplifié en utilisant le luminomètre Gen-Probe Leader De nombreuses études ont évalué AMTD et ont révélé une sensibilité moyenne et la spécificité de & gt ;% et & gt;%, respectivement, pour la détection du complexe M tuberculosis chez échantillons respiratoires à frottis positif et une sensibilité et une spécificité de>% et>%, respectivement, pour les échantillons respiratoires à frottis négatif Des études supplémentaires ont évalué l’utilisation du test pour plusieurs types d’échantillons non respiratoires, tels que le liquide céphalo-rachidien. et les ganglions lymphatiques

Amplicor Mycobacterium tuberculosis Test Amplicor, Roche Diagnostics

Le test Amplicor Mycobacterium tuberculosis est approuvé par la FDA pour les prélèvements respiratoires à frottis positif AFB provenant de patients suspects d’infection ou de colonisation par M. tuberculosis Le test Amplicor Mycobacterium tuberculosis utilise la PCR traditionnelle pour amplifier une région du gène codant pour l’ARNr S Toutes les mycobactéries Les membres du complexe M tuberculosis sont identifiés après hybridation avec une sonde ADN cible spécifique, suivie de l’addition du substrat et de la détection colorimétrique Lors du test des frottis AFB, le test Amplicor Mycobacterium tuberculosis a montré des sensibilités et des spécificités Les sensibilités et spécificités d’Amplicor Mycobacterium tuberculosis pour les échantillons AFB à frottis négatif ont varié de% à% et de% à%, respectivement L’Amplicor Mycobacterium tuberculosis test a également été évalué pour la détection de M tuberculosis moi ningite et à utiliser avec des types d’échantillons non respiratoires

TESTS APPROUVÉS / AUTORISÉS PAR LA FDA POUR LA DÉTECTION DE VIRUS RESPIRATOIRES

Les pathogènes respiratoires viraux sont particulièrement adaptés à la détection par TAAN, car le nombre de cibles est relativement limité, comparé aux nombreux pathogènes bactériens potentiels qui peuvent causer des maladies respiratoires. Tableau Bien qu’il y ait beaucoup à apprendre sur la pertinence clinique des infections respiratoires virales mixtes, Actuellement, la plupart des laboratoires ne disposent pas de moyens de diagnostic viral complet basés sur la culture tissulaire et se limitent donc aux tests avec des RADT moins sensibles et moins spécifiques pour la grippe A, la grippe B et RSV NAATS offre une excellente alternative pour élargir considérablement le menu de test des laboratoires cliniques, fournissant ainsi un diagnostic complet rapide et précis

Panneau de virus respiratoire de Luminex xTAG Luminex Molecular Diagnostics

Le premier NAAT multiplex autorisé par la FDA a été le test RVP du panel de virus respiratoires xTAG en janvier. La version approuvée par la FDA détecte l’adénovirus, la grippe A sous-typée grippe saisonnière A / H et la grippe saisonnière A / H, grippe B, PIV-, PIV-, PIV-, hMPV, rhinovirus, RSV A, et RSV B La version américaine / canadienne de l’essai de recherche seulement détecte également les coronavirus OC, E, NL, et HKU-, parainfluenza de type, et entérovirus Le test est approuvé pour une utilisation avec des échantillons naso-pharyngés prélevés sur des personnes symptomatiques d’une infection virale respiratoire et placés dans un milieu de transport viral.Le test RVP xTAG est un test à plusieurs étapes qui prend approximativement h – en fonction du nombre d’échantillons à tester Figure Un acide nucléique viral et un témoin interne E. coli MS phage sont co-extraits d’échantillons cliniques à l’aide du QIAamp MiniElute Qiagen, du easyMAG bioMérieux ou des plateformes d’extraction miniMAG bioMérieux. réaction en chaîne par polymérase RT-PCR, en utilisant des ensembles d’amorces spécifiques pour les cibles test, amplifie l’acide nucléique viral et les acides nucléiques de contrôle interne sont traités avec l’exonucléase I pour dégrader les amorces restantes et avec la phosphatase alcaline de crevette pour dégrader les nucléotides restants

Quand une cible virale est présente, l’amorce spécifique à la cible contenant une séquence d’étiquette unique est étendue et la biotine-désoxycytidine triphosphate est incorporée dans la chaîne d’extension Une fois la TSPE terminée, la détection des produits amplifiés est réalisée en utilisant le tri universel Tag Luminex La réaction de TSPE est directement ajoutée aux micropuits contenant des billes distinguables spectralement avec des antitags, qui sont complémentaires des étiquettes de séquence sur les amorces. Chaque amorce marquée s’hybridera à son unique complément antitag associé à une perle colorée spécifique. Une molécule rapporteur fluorescente streptavidine-phycoérythrine se lie à la biotine sur les amorces étendues Les perles sont ensuite analysées avec le Luminex xMAP / instruments Deux lasers lisent chaque perle; le premier identifie la bille codée par couleur spécifique au virus, et le second détermine si un amplicon est hybride à la bille sur la base de la détection des intensités de fluorescence moyennes de fluorescence [MFI] au-dessus d’un seuil de fondLes caractéristiques de performance clinique du test xTAG RVP ont été établis par le fabricant au moyen d’écouvillonnages nasopharyngés prélevés prospectivement n = testés pendant la saison grippale dans les laboratoires cliniques nord-américains Tous les échantillons ont été testés par culture virale et / ou DFA pour les cibles suivantes: influenza A, influenza B , RSV, PIV, PIV, PIV et adénovirus Les méthodes de comparaison pour le sous-typage de la grippe A, le sous-typage RSV et la détection de hMPV et rhinovirus étaient des dosages RT-PCR bien caractérisés suivis d’un séquençage bidirectionnel. comme suit: grippe A,%; sous-type H de la grippe A,%; sous-type H de la grippe A,%; grippe B,%; RSV A,%; RSV B,%; PIV-,%; PIV-,%; PIV-,%; adénovirus,%; rhinovirus,%; et hMPV,% La spécificité de xTAG RVP pour chaque cible a été déterminée comme suit: influenza A,%; sous-type H de la grippe A,%; sous-type H de la grippe A,%; grippe B,%; RSV A,%; RSV B,%; PIV-,%; PIV-,%; PIV-,%; adénovirus,%; rhinovirus,%; et hMPV,% Studies par Mahoney et al., utilisant la version de recherche de xTAG RVP et des écouvillons nasopharyngiens, ont comparé xTAG RVP avec une combinaison de tests DFA et de culture virale Pour les virus qui peuvent être cultivés en culture, les sensibilités et spécificités globales des tests / cultures DFA étaient respectivement de% et%, respectivement, par rapport à% et%, pour RVP xTAG Lorsque des virus non cultivés en routine étaient également inclus dans l’évaluation, la sensibilité des tests DFA / culture était%, comparé à% pour xTAG RVP En outre,% des spécimens contenaient & gt; virus Wong et al ont découvert que le test xTAG RVP hautement multiplexe améliorait les recherches en laboratoire sur les épidémies de virus respiratoires et les centres de soins de santé assistés dans la prise en charge des patients et des épidémies Études évaluant la performance de xTAG RVP pendant la flambée de grippe A HN. New York, New York, a démontré que la sensibilité de xTAG RVP pour la détection de la grippe A HN était de%, comparativement à% pour la culture R-Mix,% pour les tests DFA, et% pour les RADT xTAG RVP a détecté un virus respiratoire dans Ginocchio et St George ont déterminé que la probabilité d’une infection par le virus de l’influenza A due à une souche non sous-typable n’est pas la grippe saisonnière A / H ou la grippe saisonnière A / H selon au test RVP xTAG, identifié au cours de l’éclosion, était>% pour l’identification comme grippe A HN Sur la base de ces études, la FDA a approuvé les modifications apportées à l’emballage. Il indique que xTAG RVP peut être une aide efficace dans la détection de l’influenza AHN mais ne peut pas identifier spécifiquement le gène de l’hémagglutinine de l’influenza A HNLes avantages du test xTAG RVP incluent le large spectre de virus détectés par un seul test, avec un coût par test Comparable aux dosages en temps réel qui ne ciblent que les analytes Le sous-typage des virus grippaux A comme grippe saisonnière A / H ou grippe saisonnière A / H ou l’identification d’un virus “non soluble” s’est avéré être une aide importante pour identifier une nouvelle grippe. Une des limites du test est la diminution de la sensibilité pour la détection de certaines souches d’adénovirus. Des études de validation internes de notre laboratoire ont montré qu’en réduisant le seuil de MFI positif pour les adénovirus, une sensibilité améliorée pour la détection d’adénovirus a été obtenue. sans perte de spécificité Données non publiées Les limites supplémentaires du test comprennent le temps nécessaire pour obtenir les résultats finaux, le nombre d’étapes requises, Temps d’intervention technique et risque de contamination par les amplicons Il existe en Europe un test de deuxième génération appelé RVP FAST Luminex qui permet de résoudre plusieurs de ces problèmes en réduisant le nombre de pas et le temps nécessaire pour obtenir des résultats. fournir des résultats complets en un seul quart de travail

Tests Gen-Probe / Prodesse ProFlu, ProFlu-ST, Pro hMPV et ProParaflu Gen-Probe / Prodesse

Egions du gène cible Les sondes Taqman sont marquées avec un colorant extincteur attaché à l’extrémité et un colorant reporter à l’extrémité Lorsque la cible amplifiée est présente, les sondes se lient et l’activité exonucléase ‘-‘ de la Taq polymérase coupe la Puisque le colorant rapporteur et le colorant reporteur sont maintenant physiquement séparés, il y a une augmentation du signal fluorescent lors de l’excitation d’une source lumineuse. Le signal fluorescent augmente à chaque cycle lorsque des molécules de colorant reporter supplémentaires sont clivées de leur source. sondes respectives Au cours de chaque cycle de PCR, l’intensité de la fluorescence est surveillée par l’instrument en temps réel, le temps de calcul du SmartCycler II, y compris l’extraction, est d’environ – hr pour chaque essai.Les caractéristiques de performance des tests ont été établies par le fabricant. études cliniques rétrospectives utilisées pour la clairance FDA des tests Résultats du test ProFlu obtenus en testant l’échantillon nasopharyngé les résultats ont été comparés aux résultats de la culture en flacons à coque rapide. Les sensibilités et les spécificités de ProFlu pour la détection de la grippe A étaient respectivement de% et%; pour la grippe B étaient respectivement% et%; et pour le RSV étaient respectivement% et% Une étude de Liao et al a comparé le test ProFlu de Prodesse, une version précédente du test ProFlu, avec la culture virale et les RADT pour RSV NOW RSV, Binax, Inverness Medical et pour la grippe A et B Directogen AB, BD Diagnostics Les spécificités de toutes les méthodes se sont avérées être>%. Les sensibilités pour la détection de la grippe étaient% pour Directogen AB,% pour la culture virale, et% pour ProFlu-; les sensibilités pour la détection de RSV étaient% pour RSV NOW,% pour la culture virale, et% pour ProFlu- Dans une autre étude, LeGoff et al ont évalué la performance de ProFlu- dans les échantillons nasopharyngés pédiatriques Les résultats ont été comparés aux tests DFA et viraux. culture Les sensibilités et les spécificités de ProFlu- variaient de% à%, et les virus détectés par ProFlu dans% des échantillons qui avaient des résultats négatifs par des méthodes conventionnelles. En réponse à l’épidémie de grippe A HN, un test de sous-typage de grippe A ProFlu-ST a été développé par Prodesse et autorisation d’utilisation d’urgence EUA de la FDA en juillet voir section EUA ProFlu-ST est un test RT-PCR multiplex temps réel qualitatif qui cible le gène nucléoprotéine de la grippe A HN, les gènes hémagglutinine spécifiques de la grippe saisonnière A / H et grippe saisonnière A / H, et un contrôle interne MS phage L’identification de la grippe A HN est facilitée par un algorithme qui repose sur le virus de la grippe saisonnière A / H et la grippe saisonnière A / H v irus entraîne des prélèvements rhinopharyngés chez des patients ayant reçu un diagnostic de grippe A par un dispositif autorisé ou approuvé par la FDA actuellement disponible. Ce test est destiné uniquement aux laboratoires CLIA à haute complexité. La performance du test a été évaluée rétrospectivement en utilisant des prélèvements rhinopharyngés sur écouvillon qui ont déjà été testés avec le dispositif CDI rDT-PCR FluD du CDC pour détecter la grippe saisonnière A / H et la grippe A / H ou le panel CDC rRT-PCR sur la grippe porcine EUA Les accords positifs et négatifs pour la détection de la grippe saisonnière A / Hwere% et%, respectivement; pour la grippe saisonnière A / H étaient respectivement% et%; L’étude d’essai clinique de Pro hMPV pour l’autorisation de la FDA a évalué la performance clinique du test en utilisant des échantillons nasopharyngés sur écouvillon testés par des laboratoires cliniques à travers les États-Unis en utilisant le test Luminex RVP comme dispositif prédictif, La performance du test ProParaflu a été évaluée lors des essais cliniques pour la clairance de la FDA. En utilisant des prélèvements naso-pharyngés testés par des laboratoires cliniques à travers les États-Unis , les sensibilités et les spécificités de la test pour la détection de PIV- étaient% et%, respectivement; pour la détection de PIV- étaient respectivement% et%, et pour la détection de PIV- étaient respectivement% et% A ce jour, aucune donnée de performance indépendante supplémentaire n’est disponible Les avantages des tests Gen-Probe / Prodesse comprennent la facilité d’utilisation, avec environ h de temps de travail pour la préparation d’extraction d’acide nucléique et une configuration RT-PCR en temps réel Le temps global pour obtenir des résultats est – h Plusieurs instruments SmartCycler peuvent être utilisés simultanément, avec autant d’unités que nécessaire. Les tubes contenant des amplicons ne sont jamais ouverts, le risque de contamination par les amplicons est minime Une limitation des tests est un maximum de cibles plus un contrôle interne détectable en une seule réaction. Par conséquent, un panel complet de diagnostic viral nécessite PCR multiples Les PCR multiples sont coûteuses pour le laboratoire en termes de temps technique et de coût des réactifs. Cependant, la taille limitée du panel pourrait fournir un menu de test de mélange, permettant aux cliniciens de L’option de sélection ou plusieurs panneaux

Test de l’acide nucléique du virus respiratoire de la nanosphère Verigene RVNATsp Nanosphere

Le test VRNAT du Verigene Respiratory Virus Nucléaire de première génération a été approuvé par la FDA en mai. Ce test a été remplacé par le Verigene VRNATSP automatisé, un test modérément complexe de la CLIA destiné à identifier les types de virus grippaux A, B et RSV. A et B inclus des prélèvements rhinopharyngés sur écouvillon placés dans des milieux de transport viraux Le système Verigene est constitué d’instruments: le Verigene Processor entièrement automatisé et le Verigene Reader et les cartouches de test à usage unique. Figure Tout le processus de test nécessite seulement une étape de pipetage. temps d’intervention et un délai d’exécution de l’échantillon d’environ h

Figure Vue largeTélécharger la diapositiveLe système Verigene se compose d’instruments: le processeur Verigene entièrement automatisé, le lecteur Verigene et les cartouches de test à usage uniqueFigure View largeTélécharger la diapositiveLe système Verigene comprend des instruments: le processeur Verigene entièrement automatique, le lecteur Verigene et les cartouches de test à usage unique. est une technologie d’hybridation de nanoparticules d’or exclusive à Nanosphere Les nanoparticules d’or contiennent une haute densité d’oligonucléotides spécifiques à la séquence avec une forte affinité pour l’ADN complémentaire, ce qui permet une cinétique d’hybridation très efficace. qui est chargée dans l’unité de traitement Verigene Des agents chaotropes sont ajoutés à l’échantillon pour lyser les cellules, les particules virales et un phage MS témoin interne qui est ajouté avant l’étape d’extraction. Les acides nucléiques libérés sont ensuite capturés sur des microparticules magnétiques. les acides nucléiques liés sont lavés et les acides nucléiques purifiés sont élues des MMP et transférées dans le plateau d’amplification. La RT-PCR est réalisée en utilisant des amorces ciblant le gène de la matrice A de la grippe, le gène matriciel de la grippe B et le gène non structurel et le gène RSV L. Au cours de l’hybridation primaire, l’ADN cible est simultanément hybride à des oligonucléotides d’ADN de capture spécifiques à la cible disposés en réplicats sur un substrat solide et une puce à ADN et des oligonucléotides d’ADN médiateur spécifiques à la cible. acides nucléiques cibles non capturés et oligonucléotides médiateurs non hybrides, le processus se poursuit avec l’hybridation secondaire Chaque point de microréseau, où une cible appropriée est hybridée pour capturer à la fois un oligonucléotide et un oligonucléotide médiateur, est saturé de sondes nanoparticules d’or revêtues d’argent Après hybridation, la cartouche est retiré de l’unité de traitement et le microréseau de glissière de verre est se inséré dans le lecteur Verigene Une technique de diffusion de la lumière, dans laquelle la lame est éclairée en interne avec la lumière parallèle à la surface de la diapositive, est utilisée pour analyser les résultats Spots où des sondes de nanoparticules d’or enrichies d’argent dispersent cette lumière Les caractéristiques de performance du test VRNAT de première génération ont été établies lors des essais cliniques pour la clairance des dispositifs IVD. VRNAT a été comparé aux tests de culture virale / DFA avec séquençage bidirectionnel pour résoudre les résultats discordants. les sensibilités et les spécificités pour la détection de la grippe A étaient respectivement de% et%; pour la grippe B étaient respectivement% et%; et pour RSV étaient respectivement% et% La comparaison de VRNAT avec VRNATsp a révélé un accord positif global de% et une valeur d’accord négative de% Les avantages du système VRNATsp incluent l’évolutivité de l’ajout de plusieurs processeurs et lecteurs Étant donné que ce test est de complexité modérée CLIA, des techniciens de laboratoire qualifiés pourraient effectuer les tests. Ce test conviendrait parfaitement aux petites et moyennes entreprises. laboratoires limités, en particulier pour les laboratoires ayant peu ou pas d’expérience des tests moléculaires Les limites du test comprennent le format de test unique qui nécessite un processeur dédié pour chaque échantillon. – Des unités de traitement multiples seraient nécessaires pour les laboratoires de plus grand volume. augmenterait les coûts pour le laboratoire, par rapport à l’aide d’un instrument qui peut exécuter plusieurs tests à la fois

Essais d’autorisation d’utilisation d’urgence de la FDA pour la grippe A HN en mars

En réponse à l’émergence de la grippe pandémique AHN, le Secrétaire du Département de la Santé et des Services Humains DHHS a déterminé en avril qu’il y avait une «urgence de santé publique qui affecte, ou a un potentiel significatif d’affecter la sécurité nationale». “Sur la base de cette détermination, le Secrétaire du DHHS a déclaré une urgence justifiant l’EUA de dispositifs IVD conçus pour détecter le virus de la grippe A HN En réponse, en mai, le CDC a reçu une EUA pour un dispositif IVD à base moléculaire qui a détecté le virus A HN A la date de préparation du manuscrit, Mars, EUA a été accordée pour plusieurs modifications au test CDC initial, des tests moléculaires supplémentaires, et un Réactif DFA provenant des hybrides diagnostiques Les informations sur l’EUA peuvent être consultées sur le site Web de la FDA à l’adresse http://www.fdagov/medicaldevices/ Safety / EmergencySituations / ucmhtm. chaque test est listé dans les tests de Tableau autorisés à partir de Mars La majorité des tests utilisent la RT-PCR en temps réel n =, et sont effectués sur des systèmes fermés, utilise le GeneXpert Dx Cepheid no, Tableau, et utilise le Tableau Le Simplexa Influenza A HN Test non, Table Focus Diagnostics utilise un nouveau cycleur rapide en temps réel, le M Cycler intégré M Diagnostics médicaux Le cycleur M a un faible encombrement, environ cm par côté, et un poids d’environ kg Le cycleur peut Le test HN-Influenza de DIATHERIX Laboratoires utilise le Qiagen Luminex LiquiChip Qiagen no, Tableau TessArae utilise le système de détection de puces à ADN Affymetrix GeneChip Affymetrix no, Tableau actuellement, il y a peu ou pas de données publiées sur la performance de ces tests au-delà de ce qui a été rapporté dans les notices d’emballage

Tableau Tests approuvés et approuvés par l’Administration des aliments et des médicaments pour la détection des pathogènes respiratoires à partir de juillet Fabricant et nom du test Année approuvéea Méthode de test Instrument Type d’échantillon Cible génique Gen-Probe Amplified Mycobacterium tuberculosis Test direct AMTD TMA, HPA Gen-Probe Leader AFB frottis échantillons respiratoires positifs et à frottis négatif M complexe tuberculosis rRNA Gen-Probe / Prodesse ProFlu RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler Ecouvillon nasopharyngé en VTM RSV P, influenza AM, influenza B NS et NS Gen-Probe / Prodesse Pro hMPV Real- RT-PCR Cepheid SmartCycler Ecouvillon nasopharyngé en VTM hMPV NC Gen-Probe / Prodesse ProParaFlu RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler Ecouvillon nasopharyngé en VTM PIV-,, HN Panneau de virus respiratoire Luminex xTAG RT-PCR, TSPE, hybridation de billes Luminex xMap / Ecouvillon nasopharyngé dans VTM Influenza AM et HA, influenza B HA, NP hMPV, RSV RP, PIV-, HA, adénovirus HEX, rhinovirus ‘UTR Nanosphere Verige RT-PCR, hybridation de nanoparticules d’or Verigene Processeur, Verigene Reader Ecouvillon nasopharyngé dans VTM Influenza AM, influenza BM et NS, RSV L et F Roche Amplicor Mycobacterium tuberculosis Test direct PCR, détection colorimétrique Thermocycleur Lecteur EIA AFB Echantillons respiratoires à frottis positif M tuberculosis ADNr complexe Nom du fabricant et du test Année approveda Méthode de test Instrument Type d’échantillon Cible génique Gen-Probe Amplified Mycobacterium tuberculosis Test direct AMTD TMA, HPA Gen-Probe Leader AFB échantillons à frottis positif et à frottis négatif M complexe tuberculeux ARNr Gen-Probe / Prodesse ProFlu RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler Ecouvillon nasopharyngé en VTM RSV P, influenza AM, influenza B NS et NS Gen-Probe / Prodesse Pro hMPV RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler Ecouvillon nasopharyngé en VTM hMPV NC Gen-Probe / Prodesse ProParaFlu RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler Ecouvillon nasopharyngé en VTM PIV-,, HN Lumine x xTAG Groupe de virus respiratoires RT-PCR, TSPE, hybridation de billes Luminex xMap / écouvillon nasopharyngé dans VTM Influenza AM et HA, grippe B HA, NP hMPV, RSV RP, PIV-, HA, adénovirus HEX, rhinovirus ‘UTR Nanosphere Verigene RT -PCR, Hybridation de nanoparticules d’or Verigene Processeur, Verigene Reader Ecouvillon nasopharyngé dans VTM Influenza AM, influenza BM et NS, RSV L et F Roche Amplicor Mycobacterium tuberculosis Test direct PCR, détection colorimétrique Thermocycler Lecteur EIA AFB échantillons à frottis positifs à frottis M M tuberculosis complex rDNA NOTE AFB, bacilles acido-alcoolo-résistants; EIA, immunodosage enzymatique; F, gène de fusion; HA, gène de l’hémagglutinine; HEX, gène d’hexon; hMPV, métapneumovirus humain; HN, gènes de l’hémagglutinine-neuraminidase; HPA, test de protection d’hybridation; L, L gène de la nucléocapside; M, gène de la matrice; NC, gène de la nucléocapside; NP, gène de nucléoprotéine; NS, gène non structurel; P, gène de la polymérase; PIV-,,, types de virus parainfluenza,, et; ADNr, ADN ribosomique; ARNr, ARN ribosomique; RP, gène de l’ARN polymérase; VRS, virus respiratoire syncytial; RT-PCR, réaction de polymérase en chaîne par transcription inverse; TMA, amplification médiée par transcription; TSPE, extension d’amorce spécifique de la cible; UTR, région non traduite; VTM, moyen de transport viralAnnée d’approbation / autorisation initiale FDAVoir Grand

FluA HA Intelligent MDx IMDx Influenza A HN RT-PCR en temps réel Mar RT-PCR en temps réel ABI ABI FastABI Fast Dx NPS, NS, TS, NA, NWNPS / TSNPS / TS swA FluA HAswH FluA HAswH FluA HA Longhorn Influenza A / HN- Prime RRT-PCR Assay Feb RT-PCR en temps réel ABI NW FluA M, swHFluA HA Test Prodesse ProFlu-ST Influenza A pour le diagnostic de l’infection Influenza HN oct RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler II NPS sHFluA HA, sHFluA HA, swHFluA NP Qiagen artus Influenza A HN Kit LC RT-PCR Mar RT-PCR Roche LightCycler NPS FluA M, swA FluA HA Test Roche RealTime Ready A / HN Nov RT-PCR en temps réel Roche LightCycler NS, NPS, NW NA, FluA M, swHFluA HA TessArray Resequencing Grippe A Panneau de détection de puces à ADN Dec RT-PCR Affymetrix TS FluA NAG, NSG, M reseau de resynchronisation GeneChip TS sHFluA M, NAG, HA, sH ​​FluA M ViraCor HN Influenza A RT-PCR en temps réel Jan RT-PCR en temps réel ABI NPS, NS, TS, NA, NWNPS / TS, LBA, BA, BW, EA, EW, TA, tissu pulmonaire FluA MswHFluA HA Nom du fabricant et nom du test Date Méthode TBT Instrument Types d’échantillons Cibles génétiques CDC Human Influenza Virus RT-PCR en temps réel Panneau de détection Mai RT-PCR en temps réel Roche LightCycler NPS, NS, TS, NPS / TS FluA M Dec RT-PCR en temps réel ABIe Rapide Dx ABI NA, BAL, BA, BW, EA SWFluA NP Dec RT-PCR en temps réel JBAIDSf EW, TA, tissu pulmonaire swHFluA HA Culture virale Céphéide Xpert Flu A Panneau déc réel RT-PCR Cepheid GeneXpert Dx NA, NW, NPS FluA M, swHFluA HA Hybrides diagnostiques D Ultra HN Influenza A Virus Kit ID Feb FFA DFA NAP DFA positif avec test approuvé par la FDA … DIATHERIX Laboratories HN- Test Influenza Oct PCR ABI NPS, NS, TS, NA, NPA swHFluA HA détection de billes Qiagen Luminex LiquiChip NPS, NS, TS, NA, NPA swHFluA NAG DxNA Test GeneSTAT A / HNInfluenza Dec RT-PCR en temps réel Système GeneSTAT NPS, NS FluA M, swHFluA HA ELITech Molecular Diagnostics -HN Influenza A v Test de RT-PCR en temps réel d’irus RT-PCR en temps réel ABI HT NPS, NS, TS, NA, NWNPS / TS, BAL, BA, BW, EA, EW, TA, tissu pulmonaire FluA M swHFluA HA Focus Diagnostics Influenza A RT RT-PCR en temps réel RT-PCR en temps réel ABI NPS, NS, TS, NA, NWNPS / TS, LBA, BA, BW, AE, EW, TA, tissu pulmonaire FluA M swHFluA HA Focus Diagnostics Simplexa Influenza A HN Test Dec RT-PCR en temps réel M Cycler intégré NPS, NS, TS, AN, NWNPS / TS, LBA, BA, BW, AE, EW, TA, tissu pulmonaire FluA M swHFluA HA Intelligent MDx IMDx Influenza A HN Réel -Time RT-PCR Assay Mar RT-PCR en temps réel ABI ABI FastABI Fast Dx NPS, NS, TS, NA, NWNPS / TSNPS / TS swA FluA HAswH FluA HAswH FluA HA Longhorn Influenza A / HN-Prime RRT-PCR Assay Feb RT-PCR en temps réel ABI NW FluA M, swHFluA HA Prodesse ProFlu-ST Influenza A Test pour le diagnostic de l’Influenza Influenza HN Oct RT-PCR en temps réel Cepheid SmartCycler II NPS sHFluA HA, sHFluA HA, swHFluA NP Qiagen artus Infl Kit RT-PCR A HN RTM PCR RT-PCR Roche LightCycler NPS FluA M, swA FluA HA Test Roche A / HN Roche RealTime Ready Nov RT-PCR en temps réel Roche LightCycler NS, NPS, NW, NA FluA M, swHFluA HA Tessarray Resequencing Influenza A Panel de détection de puces à ADN Dec RT-PCR Affymetrix TS FluA NAG, NSG, microarray de reséquençage M GeneChip TS sHFluA M, NAG, HA, sH ​​FluA M ViraCor HN Influenza A RT-PCR en temps réel RT-PCR en temps réel ABI NPS, N.-É., TS, NA, NWNPS / TS, BAL, BA, BW, AE, EW, TA, tissu pulmonaire FluA MswHFluA HA NOTE Le tableau reflète le statut à partir de mars Les EUA pour tous les tests listés ont été annulés à partir de juin. Juillet, de ces tests ont reçu l’approbation de la FDA pour une utilisation en tant que dispositif de diagnostic in vitro pour le diagnostic de la grippe pandémique AHN; nouveau test CDC HN optimisé disponible dans les laboratoires certifiés CDC; Focus diagnostics Simplexa Influenza A HN ABI, Applied Biosystems; aFluA, grippe aviaire A; BA, aspiration bronchique; BAL, lavage alvéolaire bronchique; BW, lavage bronchique; EA, aspirat endotrachael; EW, lavage endotrachael; FluA, toute la grippe A; HA, gène de l’hémagglutinine; JBAIDS, Centre commun d’identification et de diagnostic des agents biologiques pour le contrôle et la prévention des maladies; M, gène de la matrice; M, gène de la matrice; NAG, gène de la neuraminidase; SIESTE; n’est pas applicable; NA, aspiration nasale; NP, gène de nucléoprotéine; NPS, écouvillon nasopharyngé; NPS / TS, double spécimen composé d’un écouvillon nasopharyngé et d’un écouvillon de gorge; NS, écouvillon nasal; NSG, gène non structurel; NW, lavage nasal; sH FluA, grippe saisonnière A HN; sH FluA, grippe saisonnière A HN; swFluA, toutes les variantes de la grippe porcine A; swH FluA, grippe pandémique A HN; TA, aspiration trachéale; TS, gorge swabaDate de la FDA autorisation de la dernière modificationView LargeLes EUA pour tous les tests énumérés dans le tableau ont été annulés à partir de Juin En Juillet, seulement de ces tests ont reçu l’approbation de la FDA pour un diagnostic de grippe pandémique. Le premier test approuvé a été un nouveau test CDC HN optimisé disponible dans les laboratoires CDC. Le second test est le Simplexa Influenza A HN de Focus Diagnostics, réalisé à l’aide du M Integrated Cycler M

AVANTAGES DES ESSAIS APPROUVÉS PAR LA FDA

L’utilisation de TAAN approuvés / approuvés par la FDA, contrairement aux tests développés en laboratoire, présente des avantages substantiels pour le laboratoire. Les tests approuvés ont fait l’objet de nombreuses validations analytiques et cliniques au cours des évaluations de la FDA. La FDA surveille la performance post-approbation La plupart des laboratoires ne disposent pas de l’expertise et des ressources nécessaires pour réaliser des études de validation internes approfondies pour des tests en laboratoire recommandés par l’Institut de normalisation clinique et de laboratoire et / ou exigés par CLIA, les organismes de réglementation et le Collège. of American Pathologists [revu en] Le coût pour effectuer une validation complète en laboratoire d’un test développé en laboratoire est très variable et dépend de nombreux facteurs, tels que le type de test, par exemple, qualitatif ou quantitatif, nombre d’analytes inclus dans le test par exemple, unplex ou multiplex, les types et le nombre d’échantillons cliniques, les indications pour les tests, par exemple, diag nosis, pronostic ou surveillance, temps technique pour effectuer des études, et les exigences réglementaires fédérales et étatiques Dans notre laboratoire, le développement et la validation d’un test développé en laboratoire a coûté en moyenne entre $ et $ par analyte approuvé par la FDA / autorisé Les TAAN ne nécessitent qu’une vérification en laboratoire de certaines caractéristiques de performance et une plus petite étude de corrélation d’échantillons cliniques, comparée aux tests développés en laboratoire, ce qui permet au laboratoire d’économiser beaucoup de temps et de temps technique. TAAN approuvés / autorisés que pour les tests développés en laboratoire En outre, pour des raisons de réglementation, certains établissements de soins de santé autorisent uniquement l’utilisation de TAAN approuvés / approuvés par la FDA.

Tableau Comparaison des exigences de vérification de test de l’Administration des aliments et des médicaments – Essais approuvés / vérifiés et essais en laboratoire Test de vérification / validation Paramètres approuvés par la FDA / Essais approuvés Essais en laboratoire Qualitative Quantitatif Qualitatif Quantitatif Sensibilité analytique NR Vérifier Établir Établir la sensibilité clinique Vérifier Vérifier Établir Établir Limite de détection NR Vérifier Établir Établir Limite de quantification NA Vérifier Établir Établir Linéaire NA Vérifier Établir Établir Spécificité analytique NR NR Établir Établir Spécificité clinique Vérifier Vérifier Établir Établir Extraction Fournir Déterminer Déterminer Déterminer Amplification Fournir Déterminer Déterminer Méthode de détection Fournir Fournir Déterminer Déterminer Interférer Substances NR NR Déterminer Déterminer l’instrumentation Vérifier Vérifier Déterminer Déterminer Déterminer les échantillons cliniques Oui / modéré Oui / mode taux Oui / haut Oui / haut Expertise technique Faible à modérée Faible à modéré Élevé Élevé Coût à vérifier / valider Modéré Modéré Élevé Élevé Exigences réglementaires Faible à modéré Faible à modéré Élevé Élevé Paramètre de vérification / validation Test approuvé par la FDA / Essais approuvés Essais en laboratoire Vérifier Déterminer Établir Établir Limite de détection NR Vérifier Établir Établir Limite de quantification SO Vérifier Établir Établir Étendue linéaire NA Vérifier Établir Établir Spécificité analytique NR NR Établir Établir Spécificité clinique Vérifier Vérifier Établir Établir Établir Fournir Extraction Fourni Déterminer Déterminer Amplification Fourni Fournir Déterminer Déterminer Méthode de détection Fourni Fourni Déterminer Déterminer Déterminer les substances interférentes NR NR Déterminer Déterminer Instrumenta Vérification Vérifier Déterminer Déterminer les échantillons cliniques Oui / modéré Oui / modéré Oui / haut Oui / haut Expertise technique Faible à modérée Faible à modéré Élevé Élevé Coût à vérifier / valider Modéré Modéré Élevé Élevé Exigences réglementaires Faible à modéré Faible à modéré Élevé ÉLEVÉ le tableau énumère les exigences de laboratoire pour la vérification des essais approuvés par la FDA / approuvés et pour la validation des tests développés en laboratoire. Déterminer, le laboratoire doit déterminer quelle méthode est la mieux adaptée à l’essai; établir, le laboratoire doit établir les caractéristiques de performance de l’essai; NA, non applicable; NR, non requis; à condition que la procédure ait été établie et validée par le fabricant; qualitatif, le test fournit un résultat qualitatif positif ou négatif; quantitative, test fournit un résultat quantitatif, par exemple, copies / ml; vérifier, c.-à-d. confirmer les affirmations du fabricantVoir grandParce que la pertinence clinique des tests a été établie, l’utilisation de TAAN approuvés / approuvés par la FDA a plus de chance de remboursement par les payeurs d’assurance fédéraux et privés. ne garantit pas que ces tests seront remboursés et, s’ils sont remboursés, le montant réel du remboursement peut varier d’un État à l’autre et par le payeur Enfin, les plates-formes moléculaires entièrement automatisées, simples à utiliser, telles que GeneXpert et GeneSTAT, qui intègrent toutes les étapes du processus de test dans une seule cartouche de test et ont des rapports de sortie d’échantillon à accès aléatoire, permettent aux laboratoires de toutes tailles d’effectuer des tests de diagnostic moléculaire rapides, précis et sensibles

LIMITES DES TESTS APPROUVÉS / EFFACÉS PAR LA FDA

La limitation la plus importante des TAAN approuvés / approuvés par la FDA est le manque de tests pour la détection de cibles non virales. En particulier, les TAAN sont nécessaires pour la détection des pathogènes atypiques de la pneumonie. parfois $ prohibitif, sans compter les coûts de développement et de fabrication du dispositif DIV et dépendent de la complexité et de la pertinence clinique du test et de ce qui est requis pour l’approbation de la FDA, par exemple, nombre de sites d’essai, nombre de patients inscrits, indications cliniques recherchées, besoin de suivi à long terme du patient, procédures de diagnostic associées [telles que biopsie], évaluations de dispositifs, comparaisons de dispositifs de prédiction, composantes légales et réglementaires, etc. Les fabricants doivent tenir compte du nombre potentiel de tests qui seront achetés et la difficulté des essais pour les pathogènes à faible prévalence avant d’engager les finances et les ressources nécessaires l processus Ces facteurs continueront de limiter la portée des TAAN approuvés / approuvés par la FDA jusqu’à ce que le processus d’approbation puisse être modifié pour encourager la présentation de TAAN pour les cibles à faible prévalence. Les formats actuels des TAAN exigent que les laboratoires choisissent entre temps réel, pour effectuer, des tests plus rapides qui ont des cibles limitées généralement jusqu’à et plus hautement multiplex tests & gt; Les TAAN avec des cibles limitées nécessiteraient que les laboratoires effectuent plusieurs tests si une gamme plus large de détection de cible est indiquée. Des tests multiples augmenteraient le temps technique nécessaire et le coût par patient. Diagnostic Inversement, l’utilisation de multiples tests multiplex inférieurs permet de sélectionner les panels les plus appropriés en fonction de l’âge du patient, de son état clinique, de sa maladie sous-jacente, de son état immunitaire et des virus suspectés. des tests hautement multiplexes qui ont été conçus pour réduire le temps de travail technique et le temps nécessaire aux résultats Certains TAAN en temps réel approuvés / approuvés par la FDA ne permettent pas à l’utilisateur de voir et d’évaluer les courbes d’amplification réelles. les courbes rendent difficile le dépannage en cas de problèmes Bien que l’utilisateur ne puisse pas modifier les valeurs de coupure établies Les essais FDA permettent d’accéder à tout ou partie des données brutes. La plupart des TAAN qualitatifs ne permettent pas de faire la distinction entre organismes vivants et morts et, en fonction de la durée de la clairance des acides nucléiques, peuvent être limités En outre, avec de multiples infections virales, il est difficile de déterminer la pertinence de chaque virus présent dans l’échantillon, car le virus résiduel détecté peut provenir d’une infection antérieure et ne pas contribuer à la maladie actuelle. la baisse de la charge virale peut clarifier ou résoudre ces deux problèmes Enfin, les problèmes de facturation et de remboursement sont importants Le manque de codes CPT de terminologie procédurale spécifiques pour chaque cible oblige les laboratoires à facturer plusieurs cibles en utilisant le même code CPT amplifié générique. Bien qu’il soit approprié de facturer pour chaque cible présente dans un dosage multiplex, le l’utilisation du même code CPT plusieurs fois pour un seul test peut être problématique Par exemple, de nombreux systèmes de facturation de laboratoire ou d’hôpital ne reconnaissent pas plusieurs CPT similaires pour un seul test et ne réduiront que les frais du code CPT. le premier code CPT, et le nombre de fois qu’un code CPT similaire peut être facturé est également limité. Par conséquent, le remboursement d’un test hautement multiplexé peut être limité à la facturation, ce qui augmente considérablement les coûts pour le laboratoire rentabilité Dans ces circonstances et sous la pression de réduire les coûts médicaux, de nombreux administrateurs n’approuveront pas la mise en œuvre de ce test si le remboursement est discutable. Les laboratoires doivent utiliser des codes CPT spécifiques aux analytes et rembourser les TAAN médicalement pertinents.

REGARDER VERS L’AVENIR

Nous avons effectué des tests: la charge virale de type virus de l’immunodéficience humaine, AMTD et NAAT de Chlamydia trachomatis / Neisseria gonorrhoeae, avec un volume total de tests par an Aujourd’hui, le laboratoire réalise des TAAN pour différents pathogènes, y compris des cibles bactériennes, mycobactériennes, fongiques, parasitaires et virales, avec un volume de plus de, des tests par an, et dans l’espace qui a triplé en taille Diagnostics moléculaires pour les maladies infectieuses, avec moléculaire En outre, comme le montrent le mieux l’événement bioterrorisme de l’anthrax et la pandémie de grippe A HN, les laboratoires doivent être en mesure de réagir immédiatement en développant rapidement leurs capacités d’analyse, y compris des tests moléculaires sensibles et spécifiques. Diagnostics Au début de l’épidémie de grippe A (HNN) dans le Queens, à New York, le Le volume des tests respiratoires des laboratoires LIJHS est passé d’une base de tests par jour à plus de tests par jour, en quelques jours. Il était clair dès la première semaine de l’épidémie que le laboratoire avait urgemment besoin de passer tous les tests de la grippe à des méthodes moléculaires suffisantes. Nous avons heureusement testé un test approuvé par la FDA, le test Luminex xTAG RVP, et satisfait à nos exigences en matière de diagnostic [,,] Les laboratoires doivent continuer à planifier les futures épidémies de pandémie et les événements de bioterrorisme. Pour ce faire, les laboratoires doivent fournir des NAATS cliniquement pertinents, de haute qualité et rentables qui sont de préférence approuvés / approuvés par la FDA Au fur et à mesure que nous avançons, nous demandons que la FDA travaille en étroite collaboration avec des organisations telles que l’Infectious Diseases Society of America et l’Américain So Les méthodes et plates-formes complexes à forte intensité de main-d’œuvre d’hier ont évolué pour devenir des versions plus simples et conviviales qui peuvent être appliquées à tous les milieux de soins de santé. Nous encourageons la FDA pour permettre au processus de soumission d’évoluer d’une manière similaire Les anciennes «normes d’or» de la culture ne sont plus applicables et de nouvelles façons d’évaluer ces tests doivent être considérées afin que les caractéristiques de performance précises puissent être déterminées. Ces derniers sont particulièrement efficaces pour les dosages à faible volume mais hautement pertinents, tels que les TAAN quantitatifs pour la surveillance des transplantations. Dans un environnement réglementaire raisonnable et clair, les fabricants d’instruments IVD réussiront à faire passer leur NAATS par le processus d’approbation. l’Infectious Diseases Society of America pour avoir fourni un forum de discussion et d’échange d’idées sur ce sujet Sujet opportun et cliniquement pertinent Soutien financier Ce travail a été soutenu par le ministère de la Défense des États-Unis Award WXWH — Supplément de parrainage Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé “Atelier sur les diagnostics moléculaires pour les infections respiratoires”. Maladies Society of America a sponsorisé l’atelier AstraZeneca Pharmaceuticals, Bio Merieux, Inc, Cepheid, Gilead Sciences, Intelligent MDX, Inc, Inverness Medical Innovations, et Roche Molecular Systems ont fourni un soutien financier uniquement dans le but de publier le supplément Conflits d’intérêts potentiel: CCG est un membre des conseils consultatifs scientifiques de Gen-Probe / Produce et de Luminex Molecular Diagnostics CCG a reçu des subventions de recherche et des honoraires de Gen-Probe / Prodesse, de Luminex Molecular Diagnostics et de Diagnostic Hybrides et des subventions de recherche de M Molecular Diagnostics. pour la nanosphère