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Infections à norovirus multiples dans une cohorte de naissance dans une communauté périurbaine péruvienne

Contexte Les norovirus humains sont parmi les entéropathogènes les plus répandus dans le monde et sont une cause majeure de diarrhée infantile dans les pays en développement. Cependant, les données mesurant l’impact des norovirus au niveau de la communauté sont rares.Méthodes Nous avons suivi une cohorte d’enfants pour estimer l’incidence des infections à norovirus et des diarrhées. Dans une communauté péruvienne, des échantillons de selles provenant d’épisodes diarrhéiques et d’échantillons non diarrhéiques choisis au hasard ont été testés par polymérase en chaîne pour le génogroupe et le génotype norovirus. La durée d’excrétion et la co-infection par rotavirus ont été évaluées dans un sous-ensemble d’épisodes. Par année,%% intervalle de confiance [IC],% -% ont au moins connu une infection à norovirus et par années,%% IC,% -% ont eu au moins un épisode de diarrhée associée aux norovirus Les infections à Genogroup II GII étaient plus fréquentes que les génogroupes Infections gastro-intestinales Dix-huit génotypes ont été trouvés; Le génotype GII représentait% La durée d’excrétion médiane était de jours pour GII vs jours pour infection GI P = Répétitions des infections par le même génogroupe étaient fréquentes, mais les infections répétées par le même génotype étaient rares. enfants avec infection à norovirus antérieure par rapport aux enfants non infectés coefficient: – [% IC, – à -]; P =; L’infection au norovirus survient tôt dans la vie et les enfants subissent des infections sérielles avec des génotypes multiples, ce qui suggère une immunité spécifique au génotype. Un vaccin efficace aurait un impact substantiel sur la morbidité, mais pourrait devoir cibler plusieurs génotypes.

norovirus, diarrhée infantile, gastro-entérite, cohorte de naissance, infection naturelleVoir le commentaire éditorial de Lopman et Kang sur les pages -Norovirus, virus à ARN avec & gt; Les norovirus ont récemment été reconnus comme la deuxième étiologie la plus commune de la diarrhée infantile et de l’hospitalisation pour la diarrhée, et causent une mortalité infantile estimée chaque année dans les pays en développement Avec le vaccin antirotavirus introduction, l’importance relative des norovirus est en augmentation Cependant, le besoin de RT-PCR a empêché les études dans des contextes à ressources limitées. L’impact des norovirus au niveau communautaire est mal compris, car peu de Dans cette étude, la première cohorte de naissance communautaire à examiner l’épidémiologie des norovirus, nous avons suivi les bébés péruviens pour étudier l’incidence des norovirus, les déterminants de la diarrhée norovirale, la durée de l’excrétion et les preuves de protection contre les infections subséquentes.

Méthodes

Déclaration d’éthique

L’étude a été approuvée par les commissions d’examen institutionnel de l’Asociación Benéfica PRISMA, de l’Université Peruana Cayetano Heredia UPCH, de l’Université Johns Hopkins, des CDC et de l’Union européenne.

Recrutement et collecte de données

Les participants ont été recrutés à Las Pampas de San Juan de Miraflores, un bidonville avec environ habitants dans le sud de Lima. Les femmes enceintes et celles ayant des nouveau-nés de moins de mois ont été choisis au hasard parmi les critères complets d’exclusion de la communauté ont été hospitalisés pour & gt; mois à la naissance, tout défaut congénital, naissance de jumeaux, et poids de naissance & lt; g Aucun des participants n’a été vacciné contre le rotavirus; De juin à avril, des enquêteurs ont visité chaque ménage deux fois par semaine pour établir un registre quotidien de la fièvre, des vomissements, de la fréquence des selles liquides ou semi-liquides et de l’allaitement maternel. Les échantillons de selles ont été prélevés chaque semaine, indépendamment des symptômes. Un échantillon a été demandé lors de chaque épisode diarrhéique. Les échantillons ont été transportés vers UPCH en quelques heures pour le stockage. à – ° C

Selection d’Echantillon

Un test de norovirus a été réalisé sur tous les échantillons d’épisodes diarrhéiques et un échantillon aléatoire de selles non diarrhéiques. Un échantillon non-diarrhéique par enfant par mois a été testé pendant la première année de vie. fréquence-appariée par mois avec les selles diarrhéiques correspondantes RT-PCR en temps réel pour le rotavirus a été réalisée dans un échantillon aléatoire stratifié selon l’âge de chacun des groupes suivants: norovirus-positif avec et sans diarrhée; norovirus négatif avec et sans diarrhée Pour évaluer la durée de l’excrétion, nous avons sélectionné un échantillon aléatoire stratifié selon l’âge des spécimens d’indice positif au norovirus et des échantillons hebdomadaires testés avant et après les spécimens d’indice. Ces échantillons ont été sélectionnés aveuglément et non sélectionnés par génotype. fin d’un épisode d’infection lorsque les échantillons séquentiels étaient négatifs La durée de l’excrétion était définie comme la date entre le premier et le dernier spécimen positif

Définitions

Un jour de diarrhée était défini par la présence de ≥ selles liquides ou semiliquides en heures. Pour les nourrissons de moins de mois, la définition était basée sur l’évaluation de la mère ou du gardien de la diarrhée . La virulence a été définie comme une interruption de l’allaitement pendant plusieurs jours ou plusNorovirus a été diagnostiqué par des résultats RT-PCR positifs en temps réel Infection avec un génotype différent à tout moment a été considérée comme une nouvelle infection Le même génogroupe ou génotype détecté après ≥ jours avec des échantillons négatifs une nouvelle infection Si un seul échantillon négatif existait, un intervalle d’un jour était nécessaire pour définir une nouvelle infection “La diarrhée associée aux norovirus” a été définie sur la base de résultats positifs par PCR dans un selle prélevée pendant ou après le début ou la fin de la diarrhée. La date de début de la diarrhée a été définie comme la date de début de l’infection symptomatique. Une infection «asymptomatique» s’est produite. fr Aucun symptôme n’a été signalé dans les jours suivant l’épisode positif qui a défini le début de l’infection. Si des résultats positifs ont été trouvés dans un échantillon non diarrhéique mais que la diarrhée est survenue en quelques jours ou des vomissements dans les jours sans test noroviral, l’épisode a été codé comme non défini.

RT-PCR en temps réel et génotypage

L’ARN a été extrait en utilisant des particules de silice avec du thiocyanate de guanidinium Un segment de la jonction ORF-ORF a été amplifié par RT-PCR en temps réel TaqMan, en utilisant des amorces publiées et des sondes pour les génogroupes I GI et II GII La limite de détection a été déterminée par des courbes standards en utilisant des dilutions en série des transcriptions de GII et d’ARN GI fournies par le National Calicivirus Laboratory, CDC La limite de détection était des copies correspondant au seuil Ct pour GI et GIIReal Des échantillons PCR positifs ont été génotypés par PCR conventionnelle ciblant les amorces de domaine capside N / S GSKF / GSKR pour GI, GSKF / GSKR pour GII Des séquences d’ADN ont été assemblées avec ChromasPro Technelysium Pty Ltd, Tewantin, Australie, alignées avec ClustalX http : // wwwclustalorg Les génotypes et les variants GII ont été identifiés en utilisant NoroNet http: // wwwnoronetnl

Analyses statistiques

Les taux d’incidence cumulés ont été estimés par les analyses de survie de Kaplan-Meier. Les analyses d’infections asymptomatiques se sont concentrées sur les nourrissons jusqu’à des mois en raison du nombre réduit de selles non diarrhéiques testées en deuxième année de vie. modèles avec la méthode de Breslow pour la gestion des liens Nous avons utilisé la régression logistique avec des équations d’estimation généralisées pour tester les associations avec la diarrhée au cours de l’infection à norovirus Variables avec P & lt; dans des analyses univariées ont été testés par sélection par étapes dans des modèles multivariés Nous avons également effectué une analyse transversale pour estimer la fraction non ajustée attribuable comparant la prévalence de norovirus dans les échantillons de diarrhée et de non-diarrhée la proportion de diarrhée théoriquement éliminée si les norovirus étaient éliminés. Le nombre quotidien maximum de selles diarrhéiques, les jours de vomissements et la fièvre signalée ont été comparés par génotype génogroup et GII à l’aide du test or ou du test Mann-Whitney U. Les mêmes variables ont été comparées pour la première et la seconde infection chez un même enfant. infection par norovirus et croissance, des modèles de régression linéaire multiple ont été générés avec les scores z pour la taille et le poids pour l’âge LAZ et WAZ, respectivement Les analyses ajustées pour la prévalence de l’allaitement incluaient uniquement les enfants avec ≥ mois de suivi. Pour tester si les fréquences observées des génotypes dans les infections répétées étaient signi Nous avons généré une simulation de million d’enfants avec une moyenne d’infections à norovirus réparties aléatoirement selon la prévalence du génotype trouvée dans la population étudiée. Les fréquences génotypiques attendues par hasard ont été comparées aux fréquences observées par un test de proportion d’échantillon. pour une distribution binomiale Les analyses ont été effectuées à l’aide du logiciel Stata, version StataCorp, College Station, Texas

RÉSULTATS

Un total d’enfants a participé, ce qui donne des mois-enfants de suivi. L’âge médian au recrutement était de plusieurs jours, – jours Le nombre d’enfants suivis en mois, année et années était, et, respectivement, de Les caractéristiques de base étaient comparables pour les enfants qui ont terminé le suivi et les enfants qui se sont retirés avant la fin de l’étude Tableau supplémentaire Les tests de norovirus ont été effectués sur des selles diarrhéiques et non sélectionnées au hasard. la sélection a été trouvée dans les jours qui ont suivi un épisode diarrhéique; les données de ces échantillons ont été incluses dans les analyses d’incidence de la diarrhée norovirale, mais pas dans le calcul de la fraction attribuable, voir ci-dessous

Norovirus Incidence

Au total, les infections à norovirus ont été identifiées [%] GI, [%] GII et [%] infections mixtes GI / GII Deux cent soixante-quinze pour cent; GI, GII, GI / GII infections mixtes ont été associées à la diarrhée Dans la première année de la vie, les infections se sont produites pendant mois-mois de suivi Le taux d’incidence était% intervalle de confiance [IC], – et% CI, – par mois mois pour les âges – mois et mois, respectivement 80% des enfants avaient au moins une infection et% avaient au moins des infections selon l’âge Figure A Premières infections au cours de la première année de vie,% étaient asymptomatiques,% symptomatiques et% indéfinis un pourcentage significativement plus élevé d’infections était asymptomatique chez les nourrissons plus jeunes que les mois% [/] par rapport à ceux âgés de quelques mois% [/] odds ratio ajusté [AOR], [% CI, -]; P & lt; L’allaitement maternel exclusif pendant l’âge – mois était une AOR protectrice, [% IC, -]; P = Il n’y avait pas de différence significative dans le risque de diarrhée entre les infections GI et GII AOR, [% CI, -]

Figure Vue largeTélécharger Diapositive Incidence cumulative de la première infection et de la diarrhée associée aux norovirus dans une cohorte de naissance d’enfants A, Les courbes de survie montrent l’incidence cumulative des infections par norovirus de la première à la quatrième année B, Les courbes montrent l’incidence cumulée des Les pourcentages montrent l’incidence cumulée, et les intervalles de confiance en% indiqués entre parenthèses sont basés sur l’analyse de survie de Kaplan-MeierFigure View largeTélécharger la diapositive Incidence cumulative de la première infection et de la diarrhée associée aux norovirus et de la diarrhée dans une naissance cohorte d’enfants A, courbes de survie montrent l’incidence cumulative de la première à la quatrième infections norovirus au cours de la première année de vie B, Curves montrent l’incidence cumulative du premier au quatrième épisode de diarrhée norovirus chez les enfants âgés de – ans Les pourcentages montrent l’incidence cumulée, et% confiance inter Les valeurs indiquées entre parenthèses sont basées sur l’analyse de survie de Kaplan-Meier. Chez les nourrissons âgés de -, – et-mois, l’incidence de la diarrhée associée aux norovirus était% CI, -,% CI, – et% IC, – Figure B L’analyse transversale de la prévalence des selles incluait des données provenant des selles diarrhéiques et non diarrhéiques. Les norovirus sont survenus en% IC%,% -% [/] de la prévalence des selles. selles diarrhéiques et%% IC,% -% [/] de selles non diarrhéiques L’association norovirus avec diarrhée était plus forte dans le deuxième odds ratio [OR], [% IC, -] que la première année – mois: OR, [% CI, -]; – mois: OR, [% CI, -] La fraction attribuable aux norovirus était% dans la première année et% dans la deuxième année de vie. Les valeurs de Ct étaient plus faibles dans les échantillons diarrhéiques que dans les échantillons non diarrheiques GI: médiane, vs [P & lt; ] GII: médiane, vs [P =], respectivement; Figure supplémentaire

Figure Vue largeDownload slidePrévalence du norovirus dans les échantillons de selles diarrhéiques et non diarrhéiques par âge Les prévalences sont basées sur l’analyse transversale de la réaction en chaîne par polymérase du norovirus dans des échantillons prélevés lors d’épisodes diarrhéiques et d’échantillons non diarrhéiques choisis au hasard; Prévalence du norovirus dans les échantillons de selles diarrhéiques et non diarrhéiques par âge Les prévalences sont basées sur l’analyse transversale de la réaction en chaîne par polymérase du norovirus dans des échantillons prélevés lors d’épisodes diarrhéiques et dans des échantillons non diarrhéiques choisis au hasard; les spécimens prélevés dans les jours suivant la diarrhée ont été exclus

Coinfection du rotavirus

Des rotavirus sont survenus en% / et% / de spécimens positifs asymptomatiques et norovirus diarrhéiques, et% / et% / de spécimens asymptomatiques et norovirus-diarrhéiques négatifs, respectivement. Parmi les épisodes diarrhéiques avec les deux pathogènes, le rotavirus était l’étiologie la plus probable. pour les rotavirus vs norovirus et norovirus dans les épisodes basés sur les valeurs relatives de Ct vs GII et vs GI; le quatrième épisode avait des valeurs Ct relativement élevées dans les deux vs GII

Protection associée à une infection antérieure

Une infection par le norvirus a conféré une protection significative contre l’infection et la diarrhée ultérieures au GII, mais aucun effet de ce genre n’a été observé sur l’infection gastro-intestinale ou la diarrhée.

Tableau des changements dans les rapports de risque de l’infection séquentielle à norovirus par nombre d’infections antérieures Nombre d’infections antérieures Nombre d’épisodes séquentiels Incidence par enfant-moa Rapport de risque% IC par événement ultérieur Valeur p ajustée Précédent Infection par norovirus Ref – ≥ – Diarrhée par norovirus Ref – ≥ – Infection asymptomatique Ref – ≥ – Symptôme indéfini Ref – ≥ – Infection séquentielle par le même génogroupe Previous GII infection Ref – & lt; ≥ – & lt; Diarrhée GII Réf – ≥ – Infection gastro-intestinale antérieure Réf ≥ – Diarrhée gastro-intestinale Réf ≥ – Caractéristiques de l’arrière-plan Groupe d’âge – mo Ref – mo – & lt; Jours d’allaitement maternel exclusif pendant l’âge – mois,% & lt;% Ref ≥% – Eau potable disponible h / jour dans le ménage Oui Ref No – Saison Hiver Juin – Août Réf Fall Mars – Mai – Eté Décembre – Février – & lt; Printemps septembre-novembre – & lt; Nombre d’infections antérieures Nombre d’épisodes séquentiels Incidence par enfant-mois Taux de risque% CI pour l’événement subséquent p Valeur P ajustée Infection norovirale antérieure Ref – ≥ – Diarrhée au norovirus Ref – ≥ – Infection asymptomatique Ref – ≥ – Symptôme indéfini Ref – ≥ – Infection séquentielle par le même genogroup Précédente infection GII Ref – & lt; ≥ – & lt; Diarrhée GII Réf – ≥ – Infection gastro-intestinale antérieure Réf ≥ – Diarrhée gastro-intestinale Réf ≥ – Caractéristiques de l’arrière-plan Groupe d’âge – mo Ref – mo – & lt; Jours d’allaitement maternel exclusif pendant l’âge – mois,% & lt;% Ref ≥% – Eau potable disponible h / jour dans le ménage Oui Ref No – Saison Hiver Juin – Août Réf Fall Mars – Mai – Eté Décembre – Février – & lt; Printemps septembre-novembre – & lt; Abréviations: IC, intervalle de confiance; GI, génogroupe I; GII, génogroupe IIa Le temps de suivi était de l’enfant-mois pour le groupe sans infections antérieures, mois-enfant pour ceux avec infection précédente, et mois-enfant pour ceux avec ≥ infections précédentes Trente-cinq enfants avec & lt; les mois de suivi ont été exclus de l’analyse; Les analyses ont été ajustées pour l’âge – mois et mois, le pourcentage de jours avec l’allaitement maternel exclusif pendant – mois d’âge, et avoir l’eau courante dans le ménage pendant des heures / jour Analyses des caractéristiques de base ont également été ajustés en fonction du sexe, du poids à la naissance, de l’éducation de la mère, de l’âge de la mère, du revenu du ménage, de la capacité à stocker l’eau et des toilettes avec drainages non significativement associés à l’infection norovirus ou à la diarrhée. levelView Large

Génotypes

Des échantillons positifs RT-PCR en temps réel testés,% ont été amplifiés par PCR conventionnelle et avaient des séquences lisibles Au total, les génotypes ont été identifiés à partir des épisodes d’infection Tableau supplémentaire Le génotype le plus fréquent, GII, est survenu en% d’épisodes diarrhéiques asymptomatiques. GII était plus fréquent dans les infections symptomatiques / [%] que asymptomatiques / [%] au cours de la première année de vie. P = Quatre variantes de GII b ; ; ; et ont été détectésOut, les enfants avaient, avaient, et avaient – infections à norovirus détectées Répétition infection par le même génogroupe était commune GI, GII Cependant, des ensembles d’infections répétées avec des données de génotype, seulement% étaient du même génotype GI , GII, et GII Parmi les ensembles avec une infection répétée GII, étaient par la même variante un chacun pour b et, et par différentes variantes trois b-, deux b- Ainsi, des infections répétées,% étaient par un génotype différent ou variante GII la fréquence observée de l’infection répétée était significativement plus faible que prévu par hasard pour GII, GII b et GII P =, P & lt; , et P = respectivement, mais pas pour GI, GII et GII

Durée d’excrétion

La durée de l’excrétion virale était comparable en cas de diarrhée n =; médiane, jours et épisodes asymptomatiques n =; médiane, jours; P =; épisodes indéfinis exclus Durée médiane d’excrétion de GII en jours n =; intervalle interquartile [IQR], -; max =, avec% / durable & gt; jours et% / & gt; jours Figure L’excrétion GI était de plus courte durée n =; médiane, jours; IQR, -; max = que GII P = Sept infections ont donné des résultats positifs uniquement dans le premier tabouret hebdomadaire GI, GII In des épisodes restants, les plus basses valeurs Ct ont été observées dans la première ou la deuxième semaine GI, GII Le Ct le plus bas s’est produit plus tard que la deuxième semaine d’excrétion dans seulement% épisodes tous GII

Figure Vue largeDownload slideDuration de l’excrétion de norovirus par transcription inverse en temps réel amplification en chaîne par polymérase dans des épisodes d’infection choisis au hasard Les cases représentent le percentile, la médiane et le percentile th et les moustaches montrent la durée minimale et maximale de l’excrétion en jours. le génogroupe I; GII, genogroupe IIFigure Voir grandDownload slide of norovirus excrétion par transcription inverse en temps réel réaction en chaîne par polymérase dans des épisodes d’infection choisis au hasard Les boîtes représentent percentile, médiane, et percentile th, et les moustaches montrent la durée minimale et maximale de l’excrétion en jours. GI, génogroupe I; GII, génogroupe II

Les symptômes de Genogroup

Parmi les épisodes de diarrhée associée aux norovirus, il n’y avait que GI et GII; les infections mixtes et avec des informations cliniques incomplètes ont été exclues Les épisodes GII étaient plus susceptibles que les épisodes GI d’être associés à la fièvre% vs%, P =, ≥ jours de vomissements% vs%, P =, et durée plus longue des symptômes médiane, jours , -] vs jours [plage, -]; P = Le nombre quotidien médian de selles diarrhéiques était à la fois pour GI et GII. P = Les épisodes GII étaient plus susceptibles d’avoir une durée plus longue d’épisodes comparés aux autres génotypes GII, jours [range, -] vs days [range, -]; P = Une étude a été admise à l’hôpital pour une diarrhée sévère due au norovirus GII Chez les enfants ayant une infection à norovirus répétée, une diarrhée répétée à norovirus et une diarrhée à GII répétée Il n’y avait pas de diminution de la fièvre, vomissements, nombre maximum de selles diarrhéiques, la durée des symptômes dans les deuxièmes épisodes par rapport aux premiers épisodes pour tous les norovirus ou seulement les épisodes de GII

Norovirus et croissance linéaire

La LAZ et la WAZ moyennes étaient significativement plus faibles chez les enfants infectés par norovirus au cours de la première année que chez ceux non infectés, dans les modèles ajustés pour le poids à la naissance, l’allaitement maternel et le coefficient de revenu du ménage: – [% CI, – to -] , P = et – [% CI, – à -], P & lt; , respectivement; La réduction de LAZ ou de WAZ pendant des mois était plus importante avec l’infection par GII que par le fait d’avoir une connexion intérieure de l’eau pendant des heures, des toilettes, la capacité de stocker l’eau ou non et le niveau d’éducation de la mère. IG L’effet de l’infection par norovirus et GII sur LAZ et WAZ persistait au coefficient des mois: – [% CI, – to -], P = et – [% CI, – to -], P =, respectivement

Tableau Effet de l’infection par le norovirus sur la croissance linéaire basée sur les modèles de régression linéaire généralisée pour le score z de longueur par âge à des mois d’âge Coefficient LAZ% CI P Valeur No de NoV infectionsa Aucune Ref Ref ≥ – – à – No d’infections GIa Aucune Ref Ref ≥ – – à – Non d’infections GII Aucune Aucune Ref Ref ≥ – – à – Épisodes diarrhéiques pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – Jours de diarrhée pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – au poids de naissance, gb ≤ Ref Ref & gt; à – & lt; Jours d’allaitement maternel exclusif à l’âge – mo,% b & lt; Ref Ref ≥ – – to – Revenu mensuel, USDb – Ref Ref ≥ à Variable Coefficient LAZ% CI P Valeur No de NoV infectionsa Aucune Ref Ref ≥ – – à – No d’infections GIa Aucune Ref Ref ≥ – – à – No de GII infections Aucune Ref Ref ≥ – – à – Épisodes diarrhéiques pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – Jours de diarrhée pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – au poids de naissance, gb ≤ Ref Ref & gt; à – & lt; Jours d’allaitement maternel exclusif à l’âge – mo,% b & lt; Ref Ref ≥ – – to – Revenu mensuel, USDb – Ref Ref ≥ à Résultat exprimé en tant que coefficient LAZ ajustéAbbreviations: IC, intervalle de confiance; GI, génogroupe I; GII, génogroupe II; ZLA, score z de longueur par âge; NoV, norovirus; USD, USD Les coefficients ont été ajustés pour l’allaitement maternel exclusif, le poids à la naissance et le revenub Les coefficients ont été ajustés pour l’infection norovirus en plus des variables ci-dessus Des enfants ayant terminé l’année de suivi ont été exclus en raison de données incomplètes sur le revenu du ménage. les valeurs en gras sont significatives à & lt; levelView Large

Tableau Effet de l’infection par le norovirus sur la croissance linéaire basée sur les modèles de régression linéaire généralisée pour le poids z pour l’âge Score z aux variables de l’âge Coefficient WAZ% CI P Valeur Nombre d’infections NoV Aucune Ref Ref ≥ – – à – Nombre d’infections GIa Aucune Ref Ref ≥ – – à Nombre d’infections GII Aucune Aucune Ref Ref ≥ – – à – Épisodes diarrhéiques pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – – Jours de diarrhée pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – – au poids de naissance, gb ≤ Ref Ref & gt; à & lt; Jours d’allaitement maternel exclusif à l’âge – mo,% b & lt; Ref Ref ≥ – – to – Revenu mensuel, USDb – Ref Ref ≥ – aux Variables Coefficient WAZ% CI P Valeur No de NoV infectionsa Aucune Ref Ref ≥ – – à – Non d’infections GIa Aucune Ref Ref ≥ – – à No de GII infections Aucune Ref Ref ≥ – – à – Épisodes diarrhéiques pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – – Jours de diarrhée pendant la première année de vie ≤ Ref Ref & gt; – – au poids de naissance, gb ≤ Ref Ref & gt; à & lt; Jours d’allaitement maternel exclusif à l’âge – mo,% b & lt; Ref Ref ≥ – – to – Revenu mensuel, USDb – Ref Ref ≥ – au Résultat exprimé en coefficients WAZ ajustésAbbreviations: IC, intervalle de confiance; GI, génogroupe I; GII, génogroupe II; NoV, norovirus; USD, dollars américains; Les coefficients ont été ajustés pour l’allaitement maternel exclusif, le poids à la naissance et le revenub Les coefficients ont été ajustés pour l’infection norovirus en plus des variables ci-dessus Parmi les enfants ayant terminé l’année de suivi, ont été exclus en raison de données incomplètes sur le ménage les valeurs de weightcP de revenu ou de naissance en gras sont significatives à & lt; levelView Large

DISCUSSION

Nos données représentent la première cohorte de naissance norovirus populationnelle et soulignent l’importance de ce virus comme cause de diarrhée endémique chez les jeunes enfants [, -] Dans ce bidonville périurbain, le norovirus infecté% des nourrissons selon l’âge et les enfants avaient jusqu’à l’infection La majorité des infections au cours des premiers mois étaient asymptomatiques, reflétant peut-être l’effet de l’allaitement maternel et des anticorps maternels transférés. L’infection était plus fortement associée à la diarrhée au cours de la deuxième année que les premières infections à Genogroup II étaient plus fréquentes. Comme dans les études précédentes, nous avons trouvé que la gastro-entérite était associée à des valeurs de Ct inférieures, impliquant des charges virales plus élevées, que l’infection asymptomatique L’excrétion prolongée montrée dans cette étude et d’autres [, ,] a été remarquable Dans nos données,% des infections GII a duré & gt; En raison de la longue période d’excrétion, nous avons inclus des exigences strictes pour définir la fin des épisodes infectieux et des associations avec la diarrhée. De plus, seulement une partie des selles hebdomadaires ont été testées. La faible dose infectieuse, l’excrétion prolongée, la résistance à la désinfection et les voies de transmission multiples se combinent pour que l’infection à norovirus soit presque universelle au début de la vie. Enfants atteints de norovirus au cours de leur première année L’infection prolongée, même asymptomatique, peut causer une inflammation intestinale chronique infraclinique diminuant l’absorption et la croissance des nutriments Parmi ceux testés,% et% de les selles diarrhéiques et non diarrhéiques positives au norovirus étaient également positives Pour certains virus pathogènes entériques, certains auteurs ont étudié des copathogènes non détectés qui ont contribué à leurs symptômes. Certaines analyses ont été limitées par le% d’écart entre les épisodes de norovirus identifiés par RT-PCR en temps réel et ceux génotypés par PCR conventionnelle. Le plus faible taux d’amplification peut résulter du plus long produit ciblé par la PCR de la capside C, du mésappariement modèle-amorce et / ou de faibles charges virales chez certains spécimens Notre méthode de typage n’incluait pas le type de région polymérase ou l’évaluation de plusieurs génotypes , ce qui pourrait avoir entraîné une sous-déclaration de la diversité génotypique Néanmoins, nos données confirment l’utilité de la PCR capside C pour typer la majorité des norovirus Nos données démontrent un haut degré de diversité génétique des norovirus Des infections répétées par un même génogroupe , mais le% d’infections répétées étaient dues à un génotype différent ou à une variante GII Ces données suggèrent que les enfants peuvent développer immunité spécifique avec seulement un niveau modeste de protection croisée même au sein du génogroupe Cette observation devra être prise en compte dans le développement des vaccins, qui peuvent nécessiter l’inclusion de plusieurs génotypes pour obtenir une protection clinique. En résumé, cette étude démontre une forte incidence d’infections à norovirus multiples avec une diversité génétique remarquable et une excrétion prolongée chez les nourrissons vivant dans une communauté périurbaine. Une cause fréquente de diarrhée assez sévère pour une hospitalisation , avec une mortalité infantile estimée chaque année par le virus De toute évidence, le développement d’un vaccin noroviral efficace représente le prochain enjeu important pour contrôler les décès diarrhéiques et les hospitalisations Un vaccin basé sur le virus Norwalk -like particule a démontré une protection contre défi expérimental homotypique; D’autres approches sont en cours de développement Cependant, notre étude démontre que les enfants peuvent développer une réponse immunitaire efficace contre le norovirus mais cette réponse est limitée par le génotype viral. Nos données indiquent donc que les vaccins peuvent inclure plusieurs génotypes et variantes GII

Remarques

Remerciements Nous remercions le Laboratoire National Calicivirus de nous avoir fourni des transcrits d’ARN. Nous remercions la communauté de San Juan de Miraflores pour sa collaboration à long terme. Nous remercions également M. De la Cruz, O Navarro, J Castro, R Cabrera, P Maguiña, R Jimenez, G Vivanco, JB Phu, et D Sara pour leur soutien technique contributions MS, RHG, VC, MK, JC, WC et REB conçu et planifié l’étude, SA, SE et DV développé et traité les analyses de laboratoire MS , RHG, LC et VC ont supervisé les activités sur le terrain MS, MZ, SL et CB ont aidé à l’analyse des données MS, DV, GRH, REB, JC et CB ont contribué à la rédaction du manuscritDisclaimer Les conclusions et conclusions de ce rapport sont celles de les auteurs et ne représentent pas nécessairement la position officielle des Centres de Contrôle et de Prévention des Maladies CDC Mention de noms de sociétés ou de produits ne constitue pas une approbation par le soutien financier du CDCF Ce travail a été soutenu par le S ixth Programme-cadre de l’Union européenne, Projet CONTENU INCO-CT–, Projet de Consortium de recherche sur les métriques de santé des populations et les conflits d’intérêts CDCPotential Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le Formulaire ICMJE pour la divulgation des Conflits potentiels d’intérêts. les éditeurs considèrent pertinents au contenu du manuscrit ont été divulgués